3月19日晚間，敦煌種業發布了2014年年報。2014年，公司實現營業收入12.56億元，同比下降33%，全年虧損3.24億元。
僅來自油脂公司的虧損額就達到1.91億元。2004年，敦煌種業為延長棉花副產品棉籽的產業鏈，投資了油脂公司，并在2010年決定在新疆投資收購國內最大、設備最先進的棉籽油加工企業——新疆瑪納斯油脂公司。2011年利用募集資金完成收購后，棉籽價格已在四年時間翻了一番，棉籽油卻從2008年高點的14000元/噸，跌至2014年年末的3900元/噸，暴跌72%。
為此，公司決定退出油脂產業，甩掉包袱，集中力量做好種子產業。由此，油脂公司計提減值損失1.32億元，加行虧損和其他費用，虧損數額達1.91億元。
種子產業由于國內市場嚴重供大于求，公司縮減了制種面積，受種子套牌影響銷量下降了24%。為了推廣具有優勢的七大自有品種，公司對制種結構進行了調整，對部分庫存種子計提了減值損失4100萬元，來自種業的損失達到1.12億元。
公司最大的盈利來源——敦煌種業先鋒良種有限公司，收入5.96億元，較上年減少9000萬元，同比下降13%；盈利1.5億元，同比下降27%。為了應付套牌現象，敦煌種業先鋒良種有限公司將在原有的主力產品先玉335之外，擴大先玉508、420等優勢品種規模，以及其他新審定品種，有望抑制套牌現象，促進盈利穩步增長。
2014年，公司自有知識產權品種吉祥1號，銷量達到400余萬公斤，較上年的150萬公斤增長超過200%，但由于銷售策略降低了售價，收入并未實現同幅度增長。
