近年來，我州以發展高原特色生態農業為契機，以打造大生物產業為目標，加快推進中藥材產業發展，促進農業增效、農民增收。
我州將“云藥”產業作為“云煙”產業之后的重要支柱產業來培植，大力發展天然藥物產業，推廣人工種植、養殖藥用生物資源，使一些野生數量較少、應用廣泛的中藥材得以長足發展，形成了初具規模的種養產業，種養基地遍布全州12個縣市。目前，全州已有彌渡、巍山、永平、云龍4縣獲得了“云藥之鄉”認定，燈盞花、紅花、紅豆杉、重樓、續斷等品種被認定為云南省“云藥之鄉”特色品種，中藥材產業已成為全州貧困山區群眾收入的重要來源。2014年，全州12縣市種植藥材面積達36.9萬畝，同比增長10.12%，主要品種有紅豆杉、續斷、紅花、重樓、附子、三七、燈盞花等20余種，中藥材種植總產量7.25萬噸，產值達27.5億元。
