《辦法》指出，考核工作要堅持目標導向、問題導向和結果導向，遵循客觀公正、突出重點、獎懲分明、注重實效的原則，從工作措施落實情況和食品安全狀況等方面，對食品安全組織領導、監督管理、能力建設、保障水平等責任落實情況進行評議考核。
《辦法》規定，考核分為四個步驟。一是實地檢查。國務院食品安全辦會同相關部門和單位組成考核組，依據考核方案對各省（區、市）人民政府當年度食品安全工作進展進行實地檢查。二是自查評分。各省（區、市）人民政府按照考核方案，對本年度食品安全工作情況進行全面總結和自評打分。三是部門評審。國務院食品安全委員會成員單位按照考核方案，結合日常監督檢查情況，對自評報告中相關指標內容進行考核評審。四是綜合評議。國務院食品安全辦會同相關部門和單位作出綜合評議，形成考核報告，報國務院食品安全委員會審定。考核結果分為A、B、C三個等級，由國務院食品安全委員會通報各省（區、市）人民政府。
《辦法》明確，對考核結果為A級的省（區、市）人民政府，由國務院食品安全委員會予以通報表揚，對作出突出貢獻的單位和個人按照國家有關規定給予表彰、獎勵。對考核結果為C級的省（區、市）人民政府，國務院食品安全委員會委托國務院食品安全辦會同相關部門和單位約談該省（區、市）人民政府有關負責人，必要時由國務院領導同志約談該省（區、市）人民政府主要負責人，該省（區、市）有關領導干部不得參加年度評獎、授予榮譽稱號等。考核結果交由干部主管部門作為對省（區、市）人民政府領導班子和領導干部進行綜合考核評價以及實行獎懲的重要參考，評議考核中發現需要問責的問題線索移交紀檢監察機關。
《辦法》規定，考核工作由國務院食品安全委員會統一領導。各省（區、市）人民政府應在考核結果通報后一個月內，向國務院食品安全委員會作出書面報告，對通報的問題提出整改措施與時限。對食品安全工作評議考核中弄虛作假的，予以通報批評；情節嚴重的，依法依紀追究相關人員責任。
