為保證資金安全有效和項目順利實施，財政部日前新修訂了《國家農業綜合開發資金和項目管理辦法》，并于2017年1月1日起施行。按照新《管理辦法》，國家農業綜合開發辦的審批權限全部下放到省級。
財政部有關負責人表示，新《管理辦法》進一步明確了新時期農業綜合開發工作的主要任務，增加了轉變農業發展方式，推進農村一、二、三產業融合發展，促進農業可持續發展和農業現代化的要求。
新《管理辦法》增加了監督管理內容，在權力下放的同時，強調加強屬地化管理和層級監管，規定省級農發機構可以適當下放項目評審、擇優確定項目、項目調整批復的權限，明確土地治理項目驗收由省級或設區市級農發機構負責，產業化發展項目由縣級農發機構組織驗收。
新《管理辦法》明確由國家農發辦確定下一年度扶持政策和重點，地方各級農發機構結合本地情況建立項目庫，實行動態管理；簡化和規范項目申報和批復的流程，明確各環節中地方各級農發機構的權責；將土地治理項目管理有關規定與基本建設財務制度進行了銜接。
按照新預算法等有關規定，明確由中央財政與地方財政分別承擔農業綜合開發支出責任；中央財政農業綜合開發資金分配主要采取因素法，分配因素包括基礎資源因素、工作績效因素和其他因素；歸并兩類項目的資金使用范圍，調整項目管理費提取比例和列支范圍；不再具體規定省級財政資金投入比例、自籌資金投入比例、土地治理和產業化發展項目投入比例等。
新《管理辦法》增加了促進農業可持續發展的有關內容。提出農業綜合開發應當優化開發布局，對資源環境承載能力強、能夠永續利用的區域實行重點開發；對資源環境承載能力有限，但有一定恢復潛力、能夠達到生態平衡和環境再生的區域實行保護性開發，以生態綜合治理和保護為主，適度開展高標準農田建設；對資源環境承載能力較差、生態比較脆弱的區域實行限制開發，以生態環境恢復為主。強調農業綜合開發應當開發和保護并重，在開發中保護、保護中開發。
