《通知》要求，以解決一定區域范圍內農業生產、生態循環突出問題為導向，充分利用現有的農業生產條件和產業基礎，發揮農業部門行業技術優勢和農業綜合開發財政資金引導作用，科學合理地選擇生態農業循環模式，開展畜禽養殖廢棄物資源化利用、農副資源綜合開發、標準化清潔化生產等方面的建設，促進農牧結合、種養循環，在農業綜合開發項目區起到示范引領作用。
《通知》提出四個基本原則：一是整體化設計。在一定的區域范圍內，抓住關鍵、系統謀劃、綜合設計生態循環農業建設項目，確保產業鏈條、資源利用循環通暢。二是菜單式選項。對照整體化設計的建設內容、循環模式與項目基礎條件，根據“填平補齊”原則，菜單式選擇所需建設內容，確保循環模式通暢。三是區域性推進。在縣域內選擇核心區域整體推進，力爭打造一批生態循環農業鄉鎮，并向周邊輻射帶動。四是市場化運作。通過政策和資金引導，支持符合條件的農業產業化龍頭企業、農民合作社等新型經營主體參與項目建設并負責項目運營。
《通知》要求，以提高區域范圍內農業資源利用效率和實現農業廢棄物“零排放”和“全消納”為目標，建立起養分綜合管理計劃、生態循環農業建設指標體系等管理制度，使循環模式、技術路線、運行機制和政策措施四者有機結合，區域內化肥農藥不合理使用得到有效控制，努力實現“零”增長；畜禽糞便、秸稈、農產品加工剩余物等循環利用率達到90%以上，大田作物使用畜禽糞便和秸稈等有機肥氮替代化肥氮達到30%以上；農產品實現增值10%以上，農民增收10%以上，農業生產標準化和適度規模經營水平明顯提升，實現資源節約、生產清潔、循環利用、產品安全。
《通知》強調，要按照完整的生態循環農業鏈條進行項目設計，項目建設原則上須包括畜禽養殖廢棄物資源化利用、農副資源綜合開發、標準化清潔化生產等三部分內容，同時兼顧資源利用的多樣化和廢棄物處理的不同方式。
