一、發熱
飼料在貯存過程中溫度升高，通常是微生物、昆蟲、螨蟲或真菌活動引起的。如果未能發現溫度升高并對其加以控制，飼料就會因為受熱損壞或焦化。由此因起的溫度最高可達58℃，然后又會降低到與環境溫度相同，其因為真菌和昆蟲在58℃的溫度下會死亡。蛋白質類原料在溫度達到50℃時會發生氧化，到這時這一過程就成為自我支持性的，因而溫度會進一步升高到150℃，從而引起燃燒著火。由于存在這樣的危險，所以必須監測物料里的溫度，一旦發現熱區就必須立即對其降溫。降溫的方法有鼓入冷空氣；或將物料隔開碼放，加大間距。如果已經著火，通氣就只會使事態惡化，因為通入新鮮氧氣會支持燃燒。
二、霉味和異味
出現霉味和異味，表明貯存的飼料原料已經受到了昆蟲或霉菌較深的侵害，這時有必要對貯存物料送風以驅除異味并降低其溫度。應該將這些飼料立刻用掉或處理掉，如果已經生蟲則應進行熏蒸。
三、生蟲
飼料中出現象鼻蟲和谷蛾，通常表明飼料已經受害很深。當飼料貯存在30℃或更高的環境溫度下時，其中通常會出現昆蟲引起的熱區。昆蟲的代謝活動會使飼料的溫度升高到42℃，并且會增加飼料的水分含量，從而會促進真菌生長，而這又會進一步使溫度升到62℃之高。這時應該進行熏蒸，并且應該將這些飼料立刻用掉以防其進一步變質。
四、結塊
飼料中的霉菌孢子在水分含量高的地方萌發為菌絲。菌絲呈輻射狀生長，引起飼料結塊。
時常也見到很多原料有結塊現象。豆粕、膽堿、乳清粉、磷酸二氫鈣、硫酸鈉、
五、化學成分的變化
在前面已講到的就主要是化學成分的變化。
在理想的貯存條件下，貯存物料也會發生化學變化和物理變化：物料的顏色會改變，其中的磷脂會分解，其中的蛋白質會變性，其中的水分會增加或減少。
六、霉菌毒素
飼料的另一種變質，就是其中存在由霉變飼料中各種霉菌產生的霉菌毒素。這些毒素的存在對畜牧生產和人類健康造成了嚴重問題。在家畜，霉菌毒素會引起生產率下降、因導致免疫抑制而造成發病率增高、損害動物體內的重要臟器和組織并且危害動物的繁殖性能。
