保證食用菌菌種的貯藏質量可有效保持其優良種性，延長優良品種使用的年限。因此，它與新品種的選育具有同等的重要性，是食用菌生產中的一項必不可少的重要環節。但正規、嚴格的貯藏方法需要一些設備，對操作技術也有很高要求，對許多的菇農來說，一些簡單的土辦法更可行，更有推廣價值。
1.井底低溫貯藏。是利用井底具恒溫且溫度低的原理進行菌種貯藏的方法，適用于不具備保鮮冰箱的菇農。將要保藏的試管母種，用無菌橡皮塞蘸石蠟封口，裝入密閉的廣口瓶或塑料袋中扎緊，沉人井底貯藏，可貯藏2～5個月。
2.石蠟封口貯藏。把蠟紙裁成6～8厘米見方，放入75%酒精中浸泡1分鐘。將已培養好試管種的管口在酒精燈火焰上方旋轉滅菌后，用鑷子取出蠟紙，扎緊管口。再將包好蠟紙的管口浸入熔化的石蠟中.將蠟紙完全浸入為止，使蠟紙緊緊封包在管壁上，絕不漏氣。待石蠟冷卻凝固后，置冰箱或室溫下保存。
用石蠟封口后的菌種能有效保持培養基水分，提高管內二氧化碳濃度，避免雜菌污染，轉管后菌絲恢復生長快。在室溫條件下貯藏6個月，培養基還未見干縮，菌絲仍有較強生命力；在0～4℃條件下保存12個月后菌絲體外觀正常，無老化現象，轉管成活率高。
3.玻璃紙封口貯藏。用明膠15克（粘合劑）、硫酸銅2克、美藍1～2滴（指示劑），溶于100毫升熱水中，配制成封口劑。將新長滿的母種拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口劑，貼上用95%酒精浸泡過的玻璃紙（賽珞璐），再用石蠟熔封。在室溫下，菌種至少可貯存8個月，并能防止霉菌或螨的侵染。在斜面注入無菌礦油（液體石蠟），可大大延長貯藏時間。
4.廄肥貯藏。此法適合貯藏雙孢菇等草腐菌類。將腐熟牛糞等堆肥曬干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔徑篩過篩，加1000毫升水調濕，裝入試管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕壓力下滅菌2小時。確認無菌后接種，菌絲長滿后，放在3℃冰箱內貯藏，每隔2年移植一次。在長期貯藏中，如培養基失水，應將貯藏菌種及時接種在瓊脂斜面上進行活化，再繼續貯存。此法連續貯藏4年后，其生產性狀未出現明顯變化。
5.麩皮貯藏法。稱取一定量的麩皮加水或營養液后拌勻即可使用。水、麩皮裝入試管，高壓滅菌后接入菌種，放在適溫下培養。菌絲體發育好后，將試管放入干燥室在室溫下進行干燥。干燥后放在20℃以下干燥處貯藏，可貯藏3～5年時間。
6.生理鹽水貯藏法。將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250毫升三角瓶裝60毫升培養液，振蕩培養或每天搖動5～10次，培養5～7天，然后將形成的菌絲球移入裝有5毫升無菌生理鹽水的試管中，每管約移入4～5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好口，置低溫下，可貯藏1年。
7.麥粒貯藏法。取優質小麥，淘洗后浸入20℃水中泡5小時，稍加晾干，裝管，裝入量為管長的1/4到1/3為宜，滅菌，趁熱播散，冷卻后接人菌絲體，適溫培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時終止培養。置于25℃以下干燥處，可貯藏1～2年。
1.井底低溫貯藏。是利用井底具恒溫且溫度低的原理進行菌種貯藏的方法，適用于不具備保鮮冰箱的菇農。將要保藏的試管母種，用無菌橡皮塞蘸石蠟封口，裝入密閉的廣口瓶或塑料袋中扎緊，沉人井底貯藏，可貯藏2～5個月。
2.石蠟封口貯藏。把蠟紙裁成6～8厘米見方，放入75%酒精中浸泡1分鐘。將已培養好試管種的管口在酒精燈火焰上方旋轉滅菌后，用鑷子取出蠟紙，扎緊管口。再將包好蠟紙的管口浸入熔化的石蠟中.將蠟紙完全浸入為止，使蠟紙緊緊封包在管壁上，絕不漏氣。待石蠟冷卻凝固后，置冰箱或室溫下保存。
用石蠟封口后的菌種能有效保持培養基水分，提高管內二氧化碳濃度，避免雜菌污染，轉管后菌絲恢復生長快。在室溫條件下貯藏6個月，培養基還未見干縮，菌絲仍有較強生命力；在0～4℃條件下保存12個月后菌絲體外觀正常，無老化現象，轉管成活率高。
3.玻璃紙封口貯藏。用明膠15克（粘合劑）、硫酸銅2克、美藍1～2滴（指示劑），溶于100毫升熱水中，配制成封口劑。將新長滿的母種拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口劑，貼上用95%酒精浸泡過的玻璃紙（賽珞璐），再用石蠟熔封。在室溫下，菌種至少可貯存8個月，并能防止霉菌或螨的侵染。在斜面注入無菌礦油（液體石蠟），可大大延長貯藏時間。
4.廄肥貯藏。此法適合貯藏雙孢菇等草腐菌類。將腐熟牛糞等堆肥曬干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔徑篩過篩，加1000毫升水調濕，裝入試管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕壓力下滅菌2小時。確認無菌后接種，菌絲長滿后，放在3℃冰箱內貯藏，每隔2年移植一次。在長期貯藏中，如培養基失水，應將貯藏菌種及時接種在瓊脂斜面上進行活化，再繼續貯存。此法連續貯藏4年后，其生產性狀未出現明顯變化。
5.麩皮貯藏法。稱取一定量的麩皮加水或營養液后拌勻即可使用。水、麩皮裝入試管，高壓滅菌后接入菌種，放在適溫下培養。菌絲體發育好后，將試管放入干燥室在室溫下進行干燥。干燥后放在20℃以下干燥處貯藏，可貯藏3～5年時間。
6.生理鹽水貯藏法。將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250毫升三角瓶裝60毫升培養液，振蕩培養或每天搖動5～10次，培養5～7天，然后將形成的菌絲球移入裝有5毫升無菌生理鹽水的試管中，每管約移入4～5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好口，置低溫下，可貯藏1年。
7.麥粒貯藏法。取優質小麥，淘洗后浸入20℃水中泡5小時，稍加晾干，裝管，裝入量為管長的1/4到1/3為宜，滅菌，趁熱播散，冷卻后接人菌絲體，適溫培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時終止培養。置于25℃以下干燥處，可貯藏1～2年。
