目前，對鴨瘟尚無有效藥物可治療，而對鴨霍亂藥物治療效果很好。此兩種病大癥狀很相似，很易混淆，所以在防治時務必準確鑒別，才能確保治療效果，減少不應有的損失。
一、流行病學特點鑒別1、鴨瘟僅引起鴨、鵝自然發病，流行期比較長，當鴨瘟傳入一個易感鴨群時，一般在3~7天后開始出現零星病鴨，再過3~5天后才開始大批發病，整個流行過程可達15~30天，死亡率平均在90%以上。而鴨霍亂在各種家禽包括鴨，雞，鵝、火雞和鴿均可感染。病程短促，病程一般在數小時至2天內死亡。雛鴨常呈流行性發病，死亡率可達80%以上。成鴨多為散發性流行，其流行呈間歇性。2、鴨霍亂一般是零星發生，突然死亡，尤其是正在產蛋的母肉鴨頗為多見。鴨霍亂能傳染給雞、甚至豬；而鴨瘟流行范圍較廣，病程也較長，一般多在病后4~6天死亡，但不傳染給雞、豬。
二、臨床癥狀鑒別1、鴨瘟特征性癥狀是流淚、眼瞼腫脹，兩腳發軟不能站立，下痢、頭頸部腫大，俗稱“大頭瘟”。而鴨霍亂最急性病例可無任何癥狀而突然死亡。急性病例呈現精神萎頓，食欲停止，呼吸困難，口腔和鼻孔有時流出帶泡沫粘液，有時流出血水，頻頻搖頭，很快死亡，俗稱“搖頭瘟”。2、翻開鴨肛門，出現充血，水腫或有黃綠色假膜者，則可判斷是鴨瘟。
三、剖檢鑒別1、鴨瘟病例食道和泄殖腔粘膜有黃褐色假膜覆蓋，腺胃粘膜出血或壞死；而鴨霍亂在胸膜腔的漿膜，尤其是心冠溝和心外膜有大量出血點，脾臟常呈櫻桃紅色。最具特征的是整個肝臟表面散布著灰白色針。2、發生鴨霍亂的病鴨或死鴨，肝臟表面有許多針頭大小、分布均勻的灰白色的壞死；而鴨瘟則沒有這些癥狀，但全身皮膚表面有許多出血斑點，頭頸部出血更為嚴重。
四、死狀鑒別患鴨霍亂的病鴨，死亡前常搖頭；死亡時口、鼻流稀血水，嗉囊內充滿飼料，手摸感覺硬實；而患鴨瘟的病鴨，流涕流淚，死亡時眼睛充血，嗉囊內虛無食物，手摸感到松軟。
五、藥物治療鑒別鴨霍亂可用磺胺類藥物或抗菌素治療，效果滿意，但對鴨瘟則無效。
