禽類和任何其他動物消化道的完整性不應受到損害。消化道從頭到尾都應保持健康和發揮正常功能。消化道完整性的破壞將導致疾病的發生，進而影響養分的消化和吸收。因此，需注意影響雞群消化道完整性的因素。
1霉菌毒素
不論何時飼料污染了真菌，這些真菌的次級代謝產物都可能在飼料中積累，并對家禽產生毒性。迄今已鑒別出200多種真菌代謝產物（霉菌毒素）。這些霉菌毒素即便攝入量很少，也常會導致家禽性能的降低。但僅發現幾種霉菌毒素對禽類腸道的完整性有直接的不良影響。棕曲霉毒素A對禽類肝和腎造成的損害最為明顯，這種霉菌毒素還能引起腸道脆性增加。腸道壁很薄，常在加工期間破裂，引起胴體糞便污染。棕曲霉毒素A通過降低禽類腸道的耐切強度而增加其脆性。這種脆性的增加是由于腸壁的正常膠原蛋白的合成受到破壞引起的。已報道鐮刀菌毒素引起產蛋雞和肉雞口腔和胃腸道損傷，鐮刀菌毒素中毒的口腔損傷癥狀為干酪樣壞死。
2蛋白黑素
已報道氨基酸的一些衍生物對腸道的結構完整性有不良影響。人們已對這種褐色反應后期階段出現的褐色素（蛋白黑素）進行了廣泛的研究，大鼠上尤其如此。當大鼠喂以4%蛋白黑素（葡萄糠+甘氨酸）的飼糧時，其腸壁發生了形態學變化。蛋白黑素引起小腸絨毛的上端壞死和絨毛上皮細胞的脫落。形態學變化認為不是由于炎癥引起，而是由于與飼喂高纖維飼糧相似的機械磨損所致。
3生物胺
濃度通常很低，正常情況下對動物不會有問題。但是，當飼料原料發生細菌腐敗時，這些胺類的數量增加，對動物尤其是家禽可能產生毒性。這些胺類包括腐胺、尸胺、組胺、酪胺、亞精胺、苯胺和色胺。生物胺，特別是組胺，引起前胃腫大，其中的腺乳凸出，肌胃總體糜爛，腸道上部產生過量含有大量上皮細胞的粘液，腸黏膜的總體破壞。
4肌胃糜爛素
給雛雞飼喂過度加工的魚粉可影響消化道上段的完整性。日本科學家從過熱加工的鯖魚粉中分離到很強力的致肌胃糜爛的物質，把此物質稱為肌胃糜爛素。他們測得這種毒性氨基酸是由組氨酸和賴氨酸結合生成的。肌胃糜爛素是雞胃酸分泌的強力促進劑，作用機理與組胺相似。但其作用比組胺強，作用持續時間比組胺長。
5氧化產物
單個飼料原料或全價飼糧的氧化可導致不良化合物的生成，家禽若攝入這些不良化合物，會引起其性能的降低。這種“酸敗”作用導致過氧化物的形成，過氧化物的主要作用目標是細胞膜脂肪分子中脂肪酸的不飽和鍵。這些脂肪氧化的結果導致膜流動性及受體排列的丟失，甚至引起細胞裂解。已用家禽進行了少量的旨在專門識別過氧化物對消化道完整性產生有害影響的試驗研究。這個領域尚需做更多的研究工作，因為消化道的微生物菌群首先要面對這些氧化產物。據報道，氧化后的脂肪對腸絨毛的長度、正常微生物菌群、養分吸收及與腸有關的免疫系統會產生有害影響。更好地理解氧化產物在消化道中產生的影響，將有助于解釋當禽類攝入這樣的產物時引起其性能降低的確切機理。
6疾病
有大量致病因子均對消化道的完整性有不良影響。引起家禽腸炎最常見的因素之一是球蟲。正常情況下，墊草上飼養的健康禽類對球蟲應能產生免疫反應。由這種寄生蟲低水平的恒定刺激對發育和維持免疫功能是必需的。腸炎也能由線蟲和絳蟲引起，這種寄生蟲當其在腸道中的濃度很高時常會導致腸梗阻。壞死性腸炎最常見的誘因之一是細菌，而與此有關的較常見的細菌為產氣莢膜梭狀芽孢桿菌。這種微生物產生的毒素可引起腸黏膜的大面積破壞。壞死性腸炎已表明與亞臨床球蟲病及當給家禽喂給黑麥、大麥和小麥這樣的谷物時常發生腸道粘性增加有關。這些谷物所含的非淀粉多糖能減慢腸道食糜的正常流通速率，進而導致產氣莢膜梭狀芽孢桿菌的過度生長。出血性腸炎直接由腺病毒感染引起，這種病常見于火雞。腸絨毛尖端破壞，引起小腸上部出血。其他病毒，如呼腸孤病毒、輪狀病毒、冠狀病毒、細小病毒、類腸病毒及鈣質病毒，已表明可引起最終導致腸炎消化道黏膜的破壞。
