玉米是畜禽日糧的主要原料，長期飼喂含有霉變玉米的日糧，不僅會危害動物，且殘留在動物體中的有害物質也將會給人類健康帶來隱患。玉米霉變后會被霉菌代謝產物——霉菌毒素所污染。
稀釋：少量輕度霉變玉米分多次逐步摻入正常玉米中使用。
水洗：霉變玉米粉碎，加入3~4倍的水，進行攪拌靜置浸泡，每日攪拌換水2次，直至浸泡的水由茶色變成無色為止，洗后盡快使用。
脫胚去毒：霉變玉米的毒素主要集中分布在玉米的胚芽部分。先將玉米磨成1.5~4.5毫米的小顆粒，加入５~６倍清水，然后進行攪拌，胚芽部分碎片因密度較輕而浮在水面上，將其撈出或隨水倒掉，如此反復數次，即可達到脫胚去毒的目的。
物理吸附：使用能夠吸附并捕獲霉菌毒素分子的礦物質——硅酸鋁鹽、沸石、膨潤土、活性炭、硅藻土等，或是牛血清白蛋白、酯化甘露寡糖等。
化學處理：使用石灰水、蘇打、過氧化氫處理或補充合成鹽類瀉藥如硫酸鎂。
補充營養素：補充充足VA、VD、VE、VK、葉酸，有機硒、蛋氨酸等以緩解中毒效應，或使用有機酸類添加劑、益生菌類產品如乳酸菌、酵母菌等也有助于緩解霉菌毒素的毒性，部分酶制劑也有利于緩解霉菌毒素的危害。
重度污染的玉米處理：霉變較為嚴重的玉米應集中收購、專倉儲存、及時送質檢機構檢測，經檢驗毒素含量超標的玉米，只能作為工業用糧定向銷售，不得用于食糧和飼料加工，霉變嚴重的必須銷毀不得使用。以上是針對霉菌污染玉米的處理措施，建議飼料中最好禁止使用霉變玉米，即使是輕度污染的玉米長期使用也會對畜禽及人類造成很大危害。
