蜂蜜有吸收異味、吸濕及發酵等特性，如果貯藏不善，極易變質。為了保證蜂蜜在貯藏中的質量，在貯藏時應注意下列事項：
1、按不同蜜源分別貯藏：不同蜜源的蜂蜜，其顏色、香味、滋味都不相同，因此最好能分裝貯藏，以防蜂蜜混雜而降低質量。
2、保持蜂蜜的潔凈：生產中，蜂蜜中常有花粉塊、蠟片、蜂翅、蜂腳、灰砂、蜂尸等雜質，可將該蜂蜜盛入較高的大桶內，在溫度較高、干燥的室內靜置沉淀。沉淀所需時間視具體溫度而定，一般在20℃時需3天，35℃時只需10小時，除去雜質后再貯存。
3、避免發酵：蜂蜜內常有酵母菌存在，當溫度、濕度適宜時，酵母菌便會生長繁殖，導致蜂蜜變酸，影響品質。水分含量較大的蜂蜜，在貯存前須加以處理。其方法是將蜜盛入大口容器內，敞開放在干燥、通風、溫度在25℃以上的室內，靜置數天，蒸發多余的水分，完成后熟后再行貯存。
4、防吸收水分和異味：據試驗，將蜂蜜露置于相對濕度為81％的室內，3個月后水分能增加到82%。因此，即使是成熟蜜，如不注意，也會吸濕而發酵。蜂蜜最好用密封性好的瓷器盛裝，置于于燥、通風的室內。貯藏最適溫度是5--10℃或27℃以上。若容器不能密封，貯藏室內絕不可同時存放帶有強烈氣味的物品，以防蜂蜜吸收異味。
5、防蜂蜜結晶：瓶袋包裝的蜂蜜，要保持外觀透明，流質，須防止結晶，可用雙層鍋加熱處理。處理時外層裝水，內層裝蜜，待蜜蜂溫度達71℃時，保持數分鐘，然后去火，靜置一天，撇去表面泡沫，裝入經過消毒的玻璃瓶中，嚴密封蓋即可阻止結晶。
