一、防止食用菌退化
防止菌種退化，可以提高產量，減輕病蟲害的發生發展，減少農藥施用量，是生產無公害食用菌的基礎。
1.培養菌種的環境溫度不能超過28℃。另外，培養好的菌種在常溫下存放時間不宜超過半個月。
2.切實掌握好培養基出菌時間和溫度，防止破壞營養成分，酸堿度要適宜。
3.要經常更換培養基，如蛋白胨、麥麩、馬鈴薯等培養基原料要相互交替使用。
4.原種不要一次用完，應分次取用，余下的低溫保存，防止傳代過多。
5.每年應選擇個體大、生長正常、健壯無病蟲的子實體進行一次組織分離，從中選優去劣，擴大接種生長。
二、綜合防治病蟲害
通過加強對食用菌栽培的綜合管理，創造適應食用菌生長而不利于病蟲雜菌繁殖的環境是生產無公害食用菌的關鍵。
1.搞好環境衛生
制種和操作人員必須建立起正常的清潔衛生制度，不斷清除污物并加以藥劑消毒。菇房、用具及室內一切設備，要經常清洗和消毒；進出菇房注意鞋底及衣著整潔，最好能及時更換。
2.消毒方式的選擇
優先采用高壓蒸氣滅菌法、常壓間歇滅菌法和巴氏滅菌法及紫外線燈滅菌法等物理手段消毒。化學消毒優先使用堿類、酚類藥物。避免使用重金屬鹽類等消毒劑。
3.處理好原料
食用菌培養料一定要避免受潮霉變或滋生害蟲；木屑、草料、馬糞等的堆藏，下面要墊塑料薄膜或由毛氈防潮，上面要遮蓋好以防雨淋或雜物落入；米糠、麩皮、餅料等易生霉菌，應密閉貯藏；培養料要經高溫消毒或發酵腐熟，培養料運進菇房后，要進行后發酵：覆土材料必須經蒸氣或福爾馬林消毒。
4.調整用水量和酸堿度
培養基的水分要適當。酸堿度要適宜，并隨時檢測、調整。菇房要經常保持良好通風，空氣相對濕度不宜超過95%。
5.妥善保護培養基
出鍋的料瓶或滅過菌的培養基應加以保護，防止二次污染；要加蓋紗布或薄膜，入箱熏蒸還要用新潔爾滅等藥水擦洗，防止污染。
6.嚴格執行接種操作規程
接種工作技術性很強，一定要耐心細致，切忌碰擦粘帶；對一切用具及容器，能洗的要洗干凈，能熏蒸的要熏蒸。能擦酒精的要擦酒精，能用酒精燈火焰燒的要用火焰燒；對大量的栽培種可以二人協作接種，把好火焰封鎖關，一人持料瓶，一人專接種，不離燈火口，配合準確。
7.采用人工物理方法防治病蟲害
如用黑光燈誘殺菇蠅、菇蚊等；培養料充分發酵（60℃，2～4小時）殺死線蟲和瘓蚊；剔去腐變部位，用石灰水消毒。改善環境，調整溫度（如降低溫度防治胡桃內狀菌）、濕度（如降低濕度防治鏈孢霉菌）、 PH值（如降低pH值防治白霉菌等）。
8.嚴禁使用劇毒農藥
不使用有機汞制劑或有機磷制劑及殘存時間長、又不易分解及有刺激性臭味的農藥。優先使用植物殺蟲劑，如除蟲菊、魚藤、煙草浸出液及微生物殺蟲劑，如蘇云金桿菌和白僵菌等。
三.噴施無污染菇肥
1.噴施蛋白胨、酵母膏溶液
用0.1%的蛋白胨和0.3%的酵母膏溶液噴施菇面，可使菇體肥厚，促進轉潮，在室溫14～16℃效果最好。
2.噴施腐熟人糞尿
將人糞尿煮開20分鐘，兌水10～20倍噴施，或新鮮馬尿及牛尿液，煮開至無泡沫狀時，兌水7～10倍噴施。如菇床口有小菇，噴完后，可再用清水噴1次。
3.噴施米醋
在乎菇生長中后期，用300倍的食用米醋液進行菇面噴施，在采收前1～3天每天1次，一般可增產6%，且色澤更加潔白。
4.噴施培養料浸出液
發酵腐熟干料5千克，加開水50千克浸泡，冷卻后去渣噴施，可延長出菇高峰期，并使子實體肥厚。
5.噴施菇腳水
切取2.5千克洗凈的菇腳加水15千克，煮15分鐘，取清液再加水20千克噴施，可延長高峰期，使子實體肥厚。
6.噴施豆漿水
黃豆1千克，磨成豆漿兌水75～100千克，濾液噴施菇面，再用清水噴1次。
7.噴施葡萄糖、碳酸鈣溶液
配成含葡萄糖1%、碳酸鈣0.5%的溶液，在低于18℃時噴施.有促進菌絲生長的作用。
