臨床上此病主要發生于新生仔豬，發病突然，迅速死亡，無先期癥狀。死亡豬心肌有特征性病變，可見心肌變性、壞死。發病豬群飼料多有被鼠偷食、或被患豬或鼠分泌物和排泄物污染的歷史。根據臨床癥狀和特征性病變，結合流行情況，可做出初步診斷。
進行實驗室診斷時，可采取急性死亡豬的心臟、腦、脾等組織分離病毒。用BHK2．單層細胞培養，用病豬的心、腦、脾、淋巴結等組織制成的10%懸液，接種小鼠（腦內、腹腔內、口內或肌肉內接種），經4 - 7d死亡，剖檢可見心肌炎、腦炎和腎萎縮等變化；接種6周齡仔豬，每頭豬肌肉注射40mL，可引起接種仔豬死亡。BHK2，細胞或胎鼠成纖維細胞分離培養的病毒可用中和試驗進行鑒定。豬體內血清抗體的檢測可用血凝抑制試驗和中和試驗。也可用鼠中和試驗檢測病豬是否感染了EMCV。方法是設對照和試驗鼠各一組，對照組鼠腹腔接種病料懸液，而對試驗組鼠接種病料和EMCV抗血清的混合液，此方法陽性結果為對照組鼠發病致死，而 臨床診斷時，要注意與白肌病、豬水腫病及敗血性心肌梗塞相區別。
