在現在有機茶園的建設中對化肥的使用也有特別的要求，有機化肥是我們倡導使用的化肥之一，在最早的種植茶樹的時候就是用有機化肥。
在有機肥料中，有些有機肥，如人畜禽糞便常常帶有較多的各種病毒、寄生蟲卵、惡臭味等，有些有機肥如雜草等常常帶有各種病蟲害傳染體及種子等，有些有機肥如海肥等常常帶有較高的對茶樹生長有害的物質（如氯離子）等，所以一般作生產有機茶茶園的有機肥一般都要經過處理，變有害為無害。目前，有機肥料無害化處理方法有物理方法，化學方法和生物方法三種：物理法如暴曬、高溫處理等養分損失大，工本高；化學方法如用化學物質除害，在有機食品生產中不能采用；生物方法如接菌后的堆腐和漚制，在有機食品生產過程中是唯一可采用的方法。有機肥無害化處理的堆、漚方法也很多，現介紹一種“EM堆腐法”。
有機肥EM無害化堆制方法：
各種有機肥+米糠、稻殼+麥秸（粉碎品）――> 充分拌和均勻――> 調整含水率約30-40%――> 將材料平鋪高度20-30cm――> 均勻噴灑EM多功能發酵菌――> 上面蓋透明的聚乙烯薄膜 ――> 溫度達到45-60。C時翻動3-4次――> 產生白色絮狀毛，無臭氣，即為發酵完成。（夏天3-5天可完成，春季10-15天可完成，冬天適當加50。C的溫水以加快完成）。發酵完成后仍要堆放數周后再施用，這樣可把病原菌、蟲卵、草籽和臭氣除去，同時可使肥料腐熟，提高肥效。
