當前應用ELISA進行尼帕病毒抗體的血清學試驗。使用7射線滅活尼帕病毒抗原,用十二烷基磺酸鈉和三硝基甲苯X-100再在56℃加熱lh滅活被檢血清。檢測結果為陽性的樣品則進行尼帕病毒的血清中和試驗。做病毒分離則采患者腦脊液或血清,病死豬的中樞神經、肺和腎組織。為確保安全,血清中和試驗、PCR和病毒分離等實驗室診斷工作應在生物安全4級實驗室中進行。
由于尼帕病毒與亨德拉病毒有交叉反應,可用亨德拉病毒的間接ELISA用于尼帕病毒感染豬的診斷。馬來西亞研究成功間接ELISA檢測法,初步表明可信度極高。