1、根瘤菌肥。使用于豆科作物，一般用作拌種。每667平方米用30-40克，加適量的水調均粘附于種子。要求隨拌隨播，忌干燥和陽光直曬。超過48小時應重新拌種。作物出苗后發現結瘤效果差時，可在幼苗附近澆潑對水的根瘤菌肥。如用經農藥消毒的種子，應在根瘤菌拌前2-3周消毒。
2、固氮菌劑。除豆科作物外的各種作物，如小麥、玉米，蔬菜等都可施用。可作基肥、追肥，或用來蘸根、拌種。不能與強酸、強堿或有殺菌作用的農藥、肥料同時使用。也不能與大量的氮肥同時施用，至少要相隔10天。但與有機肥、磷鉀肥混合施用，則有利于促進固氮菌的活性。每667平方米用量0.5-1千克，先用清水將作物種子拌濕，撒上菌劑拌勻，最好先與麩糠，碎玉米和磷肥等配成營養液，在將種子倒入拌勻。追肥時可與土糞拌和溝施或穴施在植株附近。
3、抗生菌劑。能減輕作物爛種爛根，提高出苗率，并能促進生長，促使早熟。對一些地下害蟲也有一定的抑制作用。麥類、豆類可用菌粉拌種。先將種子用水噴濕，每667平方米用菌粉30-50克，拌勻，也可將菌粉5-10份，混入餅粉10份，肥土100-300份的餅土肥粉中。作基肥或追肥，每667平方米用100-250千克，與過磷酸鈣混合作種肥效果好。可與殺蟲劑混用，但不可與殺菌劑混用。硫酸銨、硝酸銨、碳酸氫銨對其有抑制作用，施后10余天才能使用抗生菌肥。
4、磷菌劑。一般可分兩種：一種是有機磷細菌，借助于細菌生命活動中產生的酶，使難以利用的有機磷轉化成能為植物利用的形態；另一種是無機磷細菌，通過它產生的酸，加強土壤中難溶性磷酸鹽的溶解。可作基肥或與固氮菌劑、抗生菌劑混合施用，肥效最好。
5、鉀菌劑。應用范圍較廣，小麥、玉米、蔬菜等作物都能施用。用作基肥，每667平方米25千克；用于拌種，每667平方米5千克，拌和干細土調成稀糊狀拌種；用作追肥，將菌肥20千克拌和豬糞2500千克，條施或穴施于播種溝內。施后應立即覆土，保持陰暗濕潤狀態。結合其他栽培措施，如及時排灌、中耕松土等。
