在節能溫室中栽培的瓜類、茄果類、豆類等蔬菜已經發現的病害有100多種，經常發生、危害比較嚴重的有50余種，在這些病害當中，除黃瓜霜霉病等極少數病害是借助氣流和人們的農事活動從溫室外面傳入外，而絕大多數真菌性、細菌性病害和部分病毒性病害，例如在溫室中發生最為普遍、危害最為嚴重的瓜類、茄果、豆類、葉菜類立枯病、枯萎病、猝倒病、菌核病、炭疽病、根腐病等眾多病害，其病菌都是在土壤中或借助病殘體在土壤中越冬。
這些病害的初次侵染，幾乎都是來自溫室內的土壤，所以說：是否能夠預防和控制住土傳病害，是節能溫室蔬菜栽培成敗的關鍵。
防治土傳病害，必須認真實行“以防為主、綜合防治”的植保方針，切實做好以下工作：
(1)、利用溫室封閉性能好的特點，在暑季室內作物換茬時，采取水淹、火燒、高溫燜室等技術措施，鏟除室內土壤中殘留病菌，凈化土壤，力爭室內無菌，杜絕以上各類病害的初次侵染。
(2)、注意肥料衛生，嚴防帶菌肥料進入溫室；施用的有機肥料，必須經過暑季覆蓋塑料薄膜高溫處理、充分腐熟，并用3000倍99%天達惡霉靈藥液細致噴灑殺菌后，方可施用。
(3)、管理人員入室，要在室外的操作房中更換鞋襪和工作服，防止衣物、鞋襪帶菌入室；操作房地面，要撒石灰面消毒，鞋襪和工作服，要勤洗勤曬、殺菌消毒；人員入溫室后，要隨手關門落鎖，嚴禁外來人員、特別是其它溫室的管理人員進入室內，以防其它溫室病害交互感染和室外病菌侵入溫室。
(4)、培育壯苗，育苗時，要選用無菌基質配制營養土，并用3000倍99%天達惡霉靈藥液細致噴灑營養土，徹底殺滅土內殘存病菌。
此外為數不少的病害，由種子帶菌，育苗前須用3000倍99%天達惡霉或1%的高錳酸鉀或10%磷酸三鈉等藥液浸種10—30分鐘，殺滅病菌。
建苗床時，要在營養土下面鋪設沙礫或小石子、底部鋪薄膜、實行膜上土下滲灌，并調控好苗床光照、溫度，搞好病蟲害防治，促成壯苗。
(5)、秧苗移栽時，須用3000倍99%天達惡霉靈加2000倍天達高效氯氟氰菊酯藥液或2%天達阿維菌素藥液細致噴灑苗床和秧苗，做到凈苗入室。栽后及時用1000倍壯苗型“天達—2116”+3000倍99%天達惡霉靈，或500-1000倍旱澇收+3000倍99%天達惡霉靈藥液灌根，每株100—200毫升；以后結合根外追肥和防病用藥，摻加600-1000倍“天達2116”，每10—15天一次。連續噴灑4—5次，促進營養體的生長發育，提高光合效率，增根壯秧，增強植株的抗病性和適應性能，使之減少發病或不發病。
(6)、實行輪作，惡化病菌的生態條件，減少侵染；增施有機肥料、磷鉀肥料和微量元素肥料，調整好植株營養生長與生殖生長的關系，維持植株健壯長勢，提高作物的抗病性。
(7)、一旦發現病害，要針對病害種類，立即采取果斷措施，對癥下藥，堅決徹底鏟除。決不可讓其孳生、蔓延。
