雞已感染病毒接種時雞體內已潛伏有強毒病原微生物，只是未表現明顯的臨診癥狀，或接種人員和接種用具帶有強毒病原微生物。
接種時間不適宜飼養戶難以確定接種疫苗的準確時間，其免疫效果也就存在不確切的可能性。如果接種的時間過早，則會中和雛雞體內的母源抗體，被中和的這些雞疫苗就起不到免疫作用；若疫苗接種的時間過晚，因雛雞體內母源抗體水平低，則可能在預防接種前已被病毒感染而發病。
疫苗選用不當而引發疾病例如，雛雞大劑量使用新城疫Ⅰ系疫苗會導致扭頭、轉圈等神經癥狀，大劑量使用傳染性喉氣管炎疫苗會出現流淚、喉頭出血等傳染性喉氣管炎癥狀。
雞接種疫苗后引起不良反應例如，雞新城疫Ⅰ系疫苗、雞傳染性支氣管炎疫苗、甘保羅病疫苗的接種，可能造成本來不明顯的敗血性霉漿體病的暴發。因此，當雞群中在雞霉漿體病潛伏又要進行上述疫苗接種時，應考慮提前1-2天給免疫接種的雞連續服用藥物，以便減輕或防止潛伏疾病的暴發。
疫苗使用技術錯誤近年來常用的法氏囊滅活疫苗的使用方法一般有兩種：一種是混在水里通過飲水進行接種，另一種是通過滴服法進行接種。有些養雞戶將兩種方法混為一談，往往圖省事，把本來應該滴服接種的疫苗改為飲水接種，因其使用方法不當導致免疫失敗。另外，有的養雞戶雖然利用飲水接種疫苗的方法正確，但因使用的自來水帶有消毒藥，或者使用金屬類飲水器，或者停水時間不當，或者疫苗飲水時間過長（超過兩小時）等，造成疫苗效價降低，從而影響了免疫效果。
不同種類疫苗間的相互干擾作用一個養雞場可能不止進行一種疫苗的免疫接種，往往幾種疫苗同時使用。例如，有的養雞戶同時給雞接種雞新城疫Ⅰ系疫苗和雞痘疫苗。由于雞新城疫Ⅰ系苗具有很強的干擾作用，可導致雞痘疫苗免疫失敗，從而有可能發生雞痘。另外對最流行的傳染病，為了保證免疫效果，最好單獨接種，以便產生很強的免疫力。
