一、來源不同
抗生素(antibiotics)是由微生物(包括細菌、真菌、放線菌屬)在生活過程中所產(chǎn)生的具有抗病原體或其它活性的一類次級代謝產(chǎn)物。如青霉素來源青霉菌產(chǎn)生的次級代謝產(chǎn)物，硫酸粘桿菌素來源于粘細菌產(chǎn)生的次級代謝產(chǎn)物。而抗菌肽(antimicrobial peptide)又稱宿主防御肽，指生物體內(nèi)經(jīng)誘導(dǎo)而產(chǎn)生的一類具與先天免疫相關(guān)的有抗菌活性小分子多肽物質(zhì)，最早是在昆蟲中發(fā)現(xiàn)，隨后在各種生物體都有發(fā)現(xiàn)，包括細菌、植物、動物甚至人體中都有。而一些微生物產(chǎn)生的抗菌肽都是初級代謝產(chǎn)物，是生物體直接產(chǎn)生的。
二、產(chǎn)生方式不同
抗菌肽是通過基因編碼合成，由DNA到RNA到蛋白(多肽)，故所有的抗菌肽中的氨基酸為20種常見氨基酸。即信使RNA分子中每相鄰的三個核苷酸編成一組，在蛋白質(zhì)合成時所代表一種氨基酸。如AAA為賴氨酸，AUG為蛋氨酸等。而抗生素大部分為酶促反應(yīng)生成。涉及到許多合成酶、水解酶、轉(zhuǎn)移酶等的作用，將一些化學(xué)基團組合，生成復(fù)雜的結(jié)構(gòu)。即使一些肽類抗生素，也經(jīng)過了大量酶促反應(yīng)的作用，故許多肽類抗生素很難有明確的氨基酸序列，因為存在大量的氨基酸衍生物或者稀有氨基酸。如桿菌肽由9-12個氨基酸及其衍生物組成，同時存在噻唑環(huán)的修飾，很難確定其氨基酸序列。如硫酸粘桿菌素由10個氨基酸組成，其中6個氨基酸為二氨基丁酸這種稀有氨基酸，也就是非編碼氨基酸，還存在一個甲基辛酰這種非氨基酸結(jié)構(gòu)，故也很難確定其氨基酸序列。這些結(jié)構(gòu)大部分是通過酶促反應(yīng)生成。
三、對機體的免疫作用不同
抗菌肽為宿主防御肽，在宿主先天免疫中有重要的調(diào)節(jié)作用，能提高機體的非特異免疫，如天蠶素抗菌肽能通過提高CD4+和CD8+的比值，從而提高機體的非特異免疫。而許多抗生素不能提高免疫，還對免疫有抑制作用或者損傷作用，如氯霉素對骨髓造血功能有很強的破壞作用，從而降低免疫細胞的生成。因為抗菌肽是機體先天免疫產(chǎn)生的對抗外源病原物，除了對細菌有抑制殺滅作用，對真菌、病毒、原蟲都有一定的抑制作用，不同的抗菌肽抗菌譜不同。而抗生素的主要殺滅細菌為主的微生物，對病毒是沒有作用的。
四、作用機理不同
大部分抗生素有特定的作用位點，如喹諾酮類抗生素抑制DNA回旋酶，四環(huán)素類抗生素抑制核糖體30S亞基，青霉素與細胞壁的D-丙氨酰-D-丙氨酸競爭結(jié)合，抑制細胞壁的合成。而抗菌肽的主要作用在細菌的細胞膜上，通過改變細胞膜的通透性而殺滅細菌，不易產(chǎn)生耐藥性。
從以上四點可以看出，抗生素和抗菌肽有著本質(zhì)的區(qū)別，更不能把抗菌肽和肽類抗生素混為一談，作為抗生素的替代品，抗菌肽的開發(fā)和應(yīng)用是目前全球抗菌劑、佐劑和免疫增強劑研究的熱點，吸引著一大批生物公司持續(xù)研究，隨著技術(shù)的進步，“抗菌肽造福全人類”這句話將逐漸成為現(xiàn)實。
