1.選用無病種子或進行種子處理建立無病留種田，避免種子攜帶根腐病、蔓枯病、疫病等病原，并結合種子處理殺死種子所帶病菌，避免部分土壤中病菌的侵染，根據種子的來源及歷年病害發生情況可選用溫湯浸種、干熱滅菌和藥劑拌種等方法。
2.使用無菌床土，培育無病壯苗合理配置育苗土，選用未種過瓜類的肥沃田土并進行暴曬消毒，然后加腐熟的有機肥，土肥比為6∶4；若使用舊床土育苗，應在播種前15天～20天用福爾馬林處理，每平方米用量30毫升～50毫升，稀釋100倍后噴灑于苗床，然后覆膜悶曬5天，再揭膜晾曬10天～15天后播種。也可結合播種進行藥劑處理，使用50%多菌靈可濕性粉劑每平方米8克～10克，按1∶1加細土充分混勻，播種時1/3鋪底，2/3蓋種；使用舊營養缽育苗，應用5%福爾馬林或0.1%高錳酸鉀溶液噴淋或浸泡消毒。
3.嫁接育苗用黑子南瓜為砧木進行嫁接，能有效地防治黃瓜枯萎病。方法為：黃瓜先于黑子南瓜3天～5天播種，在黃瓜出現第一片真葉，南瓜子葉完全展開時，先用刀片剔除南瓜的生長點，在子葉下0.5厘米處向下斜切0.5厘米～0.8厘米，深達胚軸的1/3～2/3，黃瓜在子葉下1厘米處向上斜切0.5厘米～0.8厘米，深達胚軸的1/3～2/3，靠接在一起，夾上嫁接夾后定植，遮陽3天～5天待緩苗后，切斷黃瓜根，除掉嫁接夾即可。
4.施用腐熟有機肥增施充分腐熟的有機肥，可在用前兩個月噴水濕潤，將其堆成堆并用塑料薄膜蓋嚴，使其充分腐熟。在腐熟過程中因堆內高溫可達65℃～70℃，可有效殺死其中的病菌，并防止病原隨肥內殘體攜帶。冬春季使用的有機肥可在棚室內進行發酵腐熟，或建簡易沼氣池充分發酵后使用。
5.土壤消毒在夏季棚室閑置季節，將麥秸、稻草等作物秸稈切碎后均勻撒于地面，畝用1000千克左右，加入石灰氮或石灰100千克左右進行翻耕，然后澆水、扣膜悶棚15天～20天，使地表溫度升至70℃，10厘米的地溫達到60℃，可有效殺死黃瓜枯萎病菌和線蟲等土傳病菌。
6.起壟覆蓋地膜栽培黃瓜定植宜采用雙壟覆膜栽培，進行膜下壟間灌水或滴灌，以減少土壤水分過度蒸發而降低地溫，并且可有效阻止土壤中病菌的傳播，減少立枯病、菌核病等發生。
7.合理輪作溫室黃瓜與非瓜類蔬菜輪作3年～4年，可有效減少土傳病害的發生。如：枯萎病重的棚、室改種較耐病的辣椒、甜椒、韭菜等，可減輕為害；根結線蟲病嚴重者可與芹菜、韭菜、茴香等抗病植物輪作；疫病、菌核病、根腐病重的棚、室可改種生長期短的生菜、小白菜、菠菜等速生青菜，雖易感病，但影響較小，可減輕對下一茬的危害。
8.加強管理，提高植物抗逆力增施有機肥以增加營養、提高地溫；適時追肥，增施磷鉀肥；噴施一些光合促進劑、生長調節劑，如天達2116、481以及一些抗凍劑來增強植株抗逆力。冬前在溫室前部挖深0.5厘米，寬30厘米～40厘米的防寒溝，內填麥秸和馬糞等物，踩實封土，用來緩解或杜絕棚外凍土對棚內地溫的影響。另外，可在棚內建蓄水池，提前灌滿水進行預熱，可避免因澆水降低地溫、降低植株抗病能力；及時灌水，但不能大水漫灌；合理確定負載量，適時收獲等。
9.控制發病中心加強田間檢查，發現病株、病葉，及時拔除帶到棚外銷毀，并結合藥劑處理，防擴展蔓延。可在莖基部撒草木灰，降低土表濕度，阻止病菌擴散；在發病初期，選用高效、低毒、內吸性殺菌劑灌根處理病株，例如使用抗枯寧、惡霉靈的常規濃度灌根控制枯萎病，使用克線磷防治根結線蟲；或使用煙熏劑，進行全棚消毒，保護無病株。發病嚴重的棚室，收獲后應徹底清除病殘體，集中燒毀，嚴禁作有機肥，減少初侵染源。
10.提倡使用生物制劑，改善土壤微生態環境調節土壤環境，增強有益微生物的競爭能力，是控制植物根病的一項成功措施，向土壤中添加有機質，有利于拮抗菌發育，能顯著減輕多種根病。如：利用拮抗性木霉菌制劑處理黃瓜種子或苗床，能有效控制由腐霉菌、疫霉菌、核盤菌等引起的根腐病、莖腐病、疫病和菌核病；哈茨木霉與瑞毒霉共同施用防治黃瓜疫病和根腐病也是成功的實例；假單胞菌株M18分泌羥基吩嗪能有效防治黃瓜枯萎病，可進行選用。有益微生物及其代謝產物，例如農用抗生素已成功地用于防治部分植物根病。
2.使用無菌床土，培育無病壯苗合理配置育苗土，選用未種過瓜類的肥沃田土并進行暴曬消毒，然后加腐熟的有機肥，土肥比為6∶4；若使用舊床土育苗，應在播種前15天～20天用福爾馬林處理，每平方米用量30毫升～50毫升，稀釋100倍后噴灑于苗床，然后覆膜悶曬5天，再揭膜晾曬10天～15天后播種。也可結合播種進行藥劑處理，使用50%多菌靈可濕性粉劑每平方米8克～10克，按1∶1加細土充分混勻，播種時1/3鋪底，2/3蓋種；使用舊營養缽育苗，應用5%福爾馬林或0.1%高錳酸鉀溶液噴淋或浸泡消毒。
3.嫁接育苗用黑子南瓜為砧木進行嫁接，能有效地防治黃瓜枯萎病。方法為：黃瓜先于黑子南瓜3天～5天播種，在黃瓜出現第一片真葉，南瓜子葉完全展開時，先用刀片剔除南瓜的生長點，在子葉下0.5厘米處向下斜切0.5厘米～0.8厘米，深達胚軸的1/3～2/3，黃瓜在子葉下1厘米處向上斜切0.5厘米～0.8厘米，深達胚軸的1/3～2/3，靠接在一起，夾上嫁接夾后定植，遮陽3天～5天待緩苗后，切斷黃瓜根，除掉嫁接夾即可。
4.施用腐熟有機肥增施充分腐熟的有機肥，可在用前兩個月噴水濕潤，將其堆成堆并用塑料薄膜蓋嚴，使其充分腐熟。在腐熟過程中因堆內高溫可達65℃～70℃，可有效殺死其中的病菌，并防止病原隨肥內殘體攜帶。冬春季使用的有機肥可在棚室內進行發酵腐熟，或建簡易沼氣池充分發酵后使用。
5.土壤消毒在夏季棚室閑置季節，將麥秸、稻草等作物秸稈切碎后均勻撒于地面，畝用1000千克左右，加入石灰氮或石灰100千克左右進行翻耕，然后澆水、扣膜悶棚15天～20天，使地表溫度升至70℃，10厘米的地溫達到60℃，可有效殺死黃瓜枯萎病菌和線蟲等土傳病菌。
6.起壟覆蓋地膜栽培黃瓜定植宜采用雙壟覆膜栽培，進行膜下壟間灌水或滴灌，以減少土壤水分過度蒸發而降低地溫，并且可有效阻止土壤中病菌的傳播，減少立枯病、菌核病等發生。
7.合理輪作溫室黃瓜與非瓜類蔬菜輪作3年～4年，可有效減少土傳病害的發生。如：枯萎病重的棚、室改種較耐病的辣椒、甜椒、韭菜等，可減輕為害；根結線蟲病嚴重者可與芹菜、韭菜、茴香等抗病植物輪作；疫病、菌核病、根腐病重的棚、室可改種生長期短的生菜、小白菜、菠菜等速生青菜，雖易感病，但影響較小，可減輕對下一茬的危害。
8.加強管理，提高植物抗逆力增施有機肥以增加營養、提高地溫；適時追肥，增施磷鉀肥；噴施一些光合促進劑、生長調節劑，如天達2116、481以及一些抗凍劑來增強植株抗逆力。冬前在溫室前部挖深0.5厘米，寬30厘米～40厘米的防寒溝，內填麥秸和馬糞等物，踩實封土，用來緩解或杜絕棚外凍土對棚內地溫的影響。另外，可在棚內建蓄水池，提前灌滿水進行預熱，可避免因澆水降低地溫、降低植株抗病能力；及時灌水，但不能大水漫灌；合理確定負載量，適時收獲等。
9.控制發病中心加強田間檢查，發現病株、病葉，及時拔除帶到棚外銷毀，并結合藥劑處理，防擴展蔓延。可在莖基部撒草木灰，降低土表濕度，阻止病菌擴散；在發病初期，選用高效、低毒、內吸性殺菌劑灌根處理病株，例如使用抗枯寧、惡霉靈的常規濃度灌根控制枯萎病，使用克線磷防治根結線蟲；或使用煙熏劑，進行全棚消毒，保護無病株。發病嚴重的棚室，收獲后應徹底清除病殘體，集中燒毀，嚴禁作有機肥，減少初侵染源。
10.提倡使用生物制劑，改善土壤微生態環境調節土壤環境，增強有益微生物的競爭能力，是控制植物根病的一項成功措施，向土壤中添加有機質，有利于拮抗菌發育，能顯著減輕多種根病。如：利用拮抗性木霉菌制劑處理黃瓜種子或苗床，能有效控制由腐霉菌、疫霉菌、核盤菌等引起的根腐病、莖腐病、疫病和菌核病；哈茨木霉與瑞毒霉共同施用防治黃瓜疫病和根腐病也是成功的實例；假單胞菌株M18分泌羥基吩嗪能有效防治黃瓜枯萎病，可進行選用。有益微生物及其代謝產物，例如農用抗生素已成功地用于防治部分植物根病。
