仔豬細菌性痢疾多由沙門氏菌、大腸桿菌、魏氏梭菌等引起。發病初期僅出現下痢，尚有一定飲食欲，可以肌肉或皮下注射敏感抗生素，1天2次，連用2-3天，同時投喂抗生素或抗菌藥物。常用藥物的劑量及使用方法是：口服土霉素每天每公斤體重使用50-100毫克，分2-3次服用；口服新諾明或磺胺嘧啶，每天每公斤體重初次使用量為0.14-0.2克，維持量為0.07-0.1克，分2次服用。乳酸環丙沙星注射液，肌肉注射或靜脈注射，每公斤體重用量為2-2.5毫克，每日2次，連用3天。
發病中期，仔豬除下痢外，食欲廢絕，身體明顯消瘦，出現脫水癥狀，在使用抗菌藥物的同時，應及時進行補液，可以口服補液鹽，加入抗菌藥物、收斂劑、葡萄糖、維生素，根據患豬體重大小，使用胃導管1次灌服300-1000毫升。
對于極度衰竭的患豬，應及時進行輸液治療，使用葡萄糖鹽水加入抗生素，配備地塞米松2毫升、10%維生素C溶液1-2毫升，為防止酸中毒，還應加入3-5%碳酸氫鈉。
注射1毫升0.1%亞硒酸鈉，防治仔豬下痢效果明顯。特效腸炎靈每天灌服30-60克，對各種細菌性痢疾及消化不良性腹瀉均有特效。
使用中藥療法簡便易行，效果也比較明顯。將新鮮馬齒莧用清水洗凈，再用開水燙過，每頭小豬投喂50-100克，可以治療小豬頑固性下痢。由沙門氏菌引起的仔豬下痢，可以使用如下中藥方劑：黃連9克、木香9克、白芍12克、檳榔12克、茯苓12克、滑石15克、甘草6克。以上中藥煎汁內服，不吃食的，每頭灌服10-15毫升，每日1劑，連服3-4劑。由大腸桿菌引起的黃痢、白痢，可使用大蒜治療，用大蒜100克，切碎后加入50度白酒100毫升，浸泡3-5日。取浸液每毫升加冷水4毫升灌服，每天2-3次，連續2-3天。
