在徹底清理被污染的病畜舍之前，須用0.5%的過氧乙酸或噴霧靈等消毒劑對其進行噴霧消毒；徹底將病畜舍內的糞便、墊草、墊料、剩草、剩料等各種污物清理干凈，對清理出來的污物進行無害化處理。將可移動的設備和用具搬出畜舍，集中堆放到指定的地點進行清洗和消毒；病畜舍經清掃后，用火焰噴射器對畜舍的墻裙、地面、用具等非易燃物品進行火焰消毒；病畜舍經火焰消毒后，對其墻壁、地面、用具，特別是屋頂木梁、柁架等，用高壓水槍進行沖刷，清洗干凈，沖洗后的污水要收集到一起進行消毒，并做無害化處理；待病畜舍地面水干后，用消毒液對地面和墻壁等進行均勻、足量的噴霧或噴灑消毒。為使消毒更加徹底，首次消毒沖洗后間隔一定時間，進行第二次甚至第三次消毒；熏蒸消毒，病畜舍經噴灑消毒后，關閉門窗和風機，用福爾馬林密閉熏蒸消毒24小時以上。
