依各地貯藏習慣，窖的貯藏方法的最大優點是窖較深，空間較大，便于通風換氣，調節窖內溫濕度，也便于倒動。因貯藏期較大，芹菜在窖內不處在凍結狀態，各地隨窖的大小、深淺、寬窄而構筑形式不同，但必須有通氣孔。
窖藏芹菜一般有2個來源。多是采用秋芹菜窖貯，另一種用溫室延后生產的芹菜窖貯。采用芹菜窖貯，初期須在溫室后墻外進行預貯。白天需防日曬，夜晚需防受凍。當氣溫穩定通過-3至-5℃時，把芹菜移到窖內貯藏。兩捆可以對頭搭起來，形成"人"字排列。
如采用溫室芹菜進行窖藏，可延遲至11月中旬收獲，收后即可入窖貯藏。由于貯期延遲，避開了入窖初期的高溫，有利貯藏，可貯至春節。但須摘去黃幫爛葉、傷葉，剔除病株和受凍害株。把芹菜根朝下碼在10厘米深的溝內埋上土，也可澆水，這樣有利于貯藏，使芹菜保持鮮嫩狀態。
如利用永久性菜窖貯藏芹菜，須用細咀噴灑一些水，然后成捆對頭搭起"人"字形，每2行為一垛，當貯量較大時，也可捆挨捆的成行擺好。貯量小時，可在白菜的空隙用牛皮紙卷起，放在最上面的白菜上貯藏。
窖藏芹菜的管理，是通過放風、保溫等措施，使窖內保持適宜的溫濕度。既要防高溫又要防凍。窖藏是目前較為理想的芹菜貯藏方式。
