1 .水分對微生態制劑的影響
微生態制劑在相當干燥條件下，水分對菌群活力有明顯影響，但是在貯藏條件下，提高水分含量則菌群活力可能明顯下降。水分對菌群活力影響最小的是芽抱桿菌，其次是糞鏈球菌，水分對乳酸菌影響甚大，有人認為，受水分影響大的有益微生物不適宜作微生態添加劑使用。為了保證微生態制劑中菌群活力，配合飼料中含水量越低越好， 含水量低于 10 ％比較理想。
2.PH 值對微生態制劑的影響
大多數微生物在 PH4 ～ 4.5 的條件下均會自動死亡。芽抱桿菌類耐受低 PH 值的能力強。因此認為，作為微生態制劑作用的微生物在干燥收獲以前，置于 PH6 ～ 7 的中性條件下培養比較適宜。基于微生物這一特性，在配合日糧中使用時不適宜于與酸化劑混合使用。
3 .溫度對微生態制劑的影響
來源不同種類不同微生物對溫度耐受力也不同，芽抱桿菌能耐受較高溫度， 52 ～ 102 ℃范圍內損失很小。加入配合飼料中，在 102 ℃條件下制粒，貯藏 8 周后仍然比較穩定。經長時間貯藏也變化很小。乳酸菌類在溫度 66 ℃或更高時幾乎完全失去活性。鏈球菌在 72 ℃條件下，活菌損失 96% 以上。酵母菌在 82 ～ 86 ℃條件下完全失去活性。 微生態制劑正常貯藏條件下以溫度不高于 25 ℃為宜。
4 .營養物質對微生態制劑的影響
研究證明一些營養物質與微生態制劑混合，顯著影響微生物的活性。 不飽和脂肪酸對微生態制劑具有拮抗作用，配合日糧中添加微生態制劑應盡量避免與添加油脂直接接觸。 也有研究表明，飼料中的油脂，在制粒過程中對微生態制劑耐受溫熱壓的能力具有保護作用。礦物質直接與微生態制劑中的益生菌接觸或多或少會影響其活性， 飼料中鈣顯著影響乳酸活性 。 1990 年 Shurson 等報道，日糧中高銅對特異性病原菌的豬和正常環境下
5.微生態制劑使用時注意事項
微生態制劑為活菌制劑，影響作用效果的因素很多，使用時要注意：
5.1 應用時要早，根據先入為主的理論。通過先入茵的屬性控制，形成優勢種群，減少或阻礙病原菌的定居。
5.2 禁止與抗生素、殺菌藥、消毒藥或具有抗菌作用的中草藥同時使用，否則會殺死或抑制其中的活菌，減弱或失去微生態制劑的作用。
5.3 微生態制劑的預防效果好于治療，作用發揮較慢，故應長時間連續飼喂，才能達到預期效果。
5.4 根據目的不同，使用時要有所選擇。如治療腹瀉時，最好選用腸道中占優勢的菌群制成的微生態制劑如乳酸桿菌、雙歧桿菌。
5.5 要注意活力和數量，微生態制劑必須含有一定量的活菌， 一般要求 3 億個以上的活菌體，且活力要強。
5.6 要注意制劑的保存期，大量試驗表明，隨制劑保存時間的延長，活菌數量逐漸減少，即意味著其作用越來越小。
5.7 注意一些不利因素對菌種的影響。如溫度、 PH 值對乳酸桿菌影響大。
5.8 微生態制劑對新生動物的作用效果好，有利于它們建立健全的腸道正常微生物區系。
