蘋果在貯藏期間發生的病害分為生理性病害和真菌性病害兩大類，前者是由于生長、貯藏條件不適或缺乏某種礦物質引起的，后者則是由于采前微生物潛伏侵染或采后傷口侵染引起的，這是影響蘋果貯藏期的重要因素。有效地防治這兩類病害對蘋果的保鮮和增值具有重要作用。
（一）生理性病害的防治
1、虎皮病、虎皮病是貯藏后期發生的最嚴重的生理病害，大多數蘋果品種都易感染此病。其癥狀是發病部褐變，且呈不規則的微凹陷狀，多發生在不著色的背陰面，嚴重時病斑連成大片如燙傷狀，影響外觀。蘋果采收過早，成熟度較低是該病發生的主要原因。防治虎皮病首先應注意適當晚采；另利用氣調貯藏也可有效防治虎皮病；還可用濃度為0.25%～0.35%，溫度為25℃的乙氧基喹液浸泡果實，或用每張含有1.5～2毫克的二苯胺包果紙包果均有很好的防病效果；另還要防止貯藏后期溫度升高，注意貯藏庫的通風情況，果實出庫時應逐漸升溫，以免溫度驟變而引起發病。
2、苦痘病 果實采收期及貯藏期均可發生苦痘病。該病大都發生在皮下果肉組織內部，果皮向內凹陷，并呈灰褐色或綠褐色，病斑常呈圓形。苦痘病主要是由于果實含鈣量較低總氮及蛋白質氮含量較高引起的，也與成熟期氣溫較高有關。因此最主要的防治措施是使蘋果在生長發育前期吸收足夠的鈣，或通過采前噴灑濃度為0.57%的氯化鈣，或0.8%的硝酸鈣來減輕病害，同時注意人貯果實的前期溫度不宜過高，以免該病大發生。
3、衰老褐變病 根據其發病原因分為衰老褐變、低溫褐變和二氧化碳傷害三大類。
（1）衰老褐變：是指果實后熟失常所引起的果肉變褐。由癥狀看，一種是果肉粉綿、變軟，內部變成干而易碎的粉質狀，后期變成褐色，果皮及外部果肉破裂。另一種是果肉褐變，果肉變為淺褐色，受病部分界限不明顯，果肉不變粉綿且果皮不破裂。衰老褐變病是蘋果過熟老化的一個象征，凡是促進蘋果成熟的因素均可加速此病的發生。通過控制貯藏溫濕度，采后用2%～4%的氯化鈣液浸泡果實10分鐘均可起到良好的防病作用。
（2）低溫傷害：蘋果貯溫過低而引起的凍結也會降低果實硬度和縮短貯藏壽命。高濃度二氧化碳和高濕度都會加重低溫傷害。低溫傷害與低溫和時間兩個因素有關，短期低溫并不引起傷害。現防治此病的有效方法是控制貯藏溫度在2～4℃。
（3）二氧化碳和缺氧傷害：二氧化碳傷害分為果實外部傷害和內部傷害兩種。外部傷害發生在貯藏前期，病變組織界限分明，呈黃褐色，下陷起皺。內部傷害果肉果心局部組織出現褪色小斑塊，最后病變部分果肉失水成干褐色空腔，食之味苦，整果風味變淡，并伴有輕微發酵味，二者相同處是受害果硬度均不減。缺氧傷害主要是果皮木栓化，果肉至果心組織壞死，并有濃烈的發酵味。通過嚴密監測貯藏環境氣體組分變化，如維持氧在2%～3%、二氧化碳在3%～5%，受害果乙醇含量在120毫克/100克以下，置于10～18℃的通風環境中，則大部分果實可復原。
（二）真菌性病害的防治
1、炭疽病 特征是果面呈淡褐色病斑，并逐漸從果皮向果實內部呈漏斗狀腐爛；果肉變褐色，有輕微苦味。病斑表面凹陷，從病斑中心向外生成同心輪紋狀排列的黑色小點。蘋果在采前噴灑500～1000毫克/公斤的苯來特，或托布津，或噻苯咪唑，或多菌靈等防治效果較好；或者在采后用以上藥液浸泡果實防病效果也較好；或用多功能保鮮紙包果，同時貯藏期適當降低同期溫度，采用氣調貯藏，適當提高二氧化碳濃度降低氧濃度也可起到較好的防治作用。
2、輪紋病 果實起初以皮孔為中心發生水浸狀褐色斑點，漸次擴大，表面呈暗紅褐色，有清晰的同心輪紋。自病斑中心起，表皮下逐漸產生散生的黑色點粒。病果往往迅速軟化腐敗，流出茶褐色汁液，但果皮不凹陷、果形不變，這是與炭疽病的區別之點。蘋果輪紋病的防治，除在加強栽培管理，增強樹勢，提高樹體抗病能力的基礎上，采取以鏟除枝干上的菌源和生長期噴藥保護為重點綜合防治外，化學藥劑防治是關鍵措施。因此，采前噴1～2次內吸性殺菌劑，可降低果實帶菌率；采后用仲丁胺200倍液浸果1分鐘后貯藏，也可降低其發病率；另外低溫貯藏也是防治該病的一項重要措施。
3、青霉病 發病初期病斑呈黃色，下陷呈近圓形，果肉軟腐組織解體、濕軟，腐爛果有特殊的霉味。防止采收、運輸中的各種機械損傷，揀出病蟲果和機械傷果不作長期貯藏是防治青霉病的關鍵措施。貯藏前用1000 2500毫克/公斤噻苯咪唑，或用500～1000毫克/公斤的苯來特或托布津等藥液浸泡果實，對青霉病的防治效果也很好；控制乙醛氣在空氣中的濃度為0.5%、1%、2%，并分別處理果實3小時、2小時、1小時，對防治該病均可起到良好的效果。
4、霉腐病 果實從心室開始受害，并逐漸向外擴展霉爛。病果果心變褐，充滿灰色或粉紅色霉狀物。當果心霉爛發展嚴重時，果實梗部可見水漬狀不規則的濕腐斑塊，并彼此相聯，最后全果腐爛，果肉味苦。早春芽前全樹噴施1～3波美度的石硫合劑，花前花后噴施幾次殺菌劑對蘋果霉腐病均有較好的防治作用；貯藏期溫度保持在0.5～1℃，相對濕度在90%左右，可防止蘋果霉腐病的擴展蔓延。
（一）生理性病害的防治
1、虎皮病、虎皮病是貯藏后期發生的最嚴重的生理病害，大多數蘋果品種都易感染此病。其癥狀是發病部褐變，且呈不規則的微凹陷狀，多發生在不著色的背陰面，嚴重時病斑連成大片如燙傷狀，影響外觀。蘋果采收過早，成熟度較低是該病發生的主要原因。防治虎皮病首先應注意適當晚采；另利用氣調貯藏也可有效防治虎皮病；還可用濃度為0.25%～0.35%，溫度為25℃的乙氧基喹液浸泡果實，或用每張含有1.5～2毫克的二苯胺包果紙包果均有很好的防病效果；另還要防止貯藏后期溫度升高，注意貯藏庫的通風情況，果實出庫時應逐漸升溫，以免溫度驟變而引起發病。
2、苦痘病 果實采收期及貯藏期均可發生苦痘病。該病大都發生在皮下果肉組織內部，果皮向內凹陷，并呈灰褐色或綠褐色，病斑常呈圓形。苦痘病主要是由于果實含鈣量較低總氮及蛋白質氮含量較高引起的，也與成熟期氣溫較高有關。因此最主要的防治措施是使蘋果在生長發育前期吸收足夠的鈣，或通過采前噴灑濃度為0.57%的氯化鈣，或0.8%的硝酸鈣來減輕病害，同時注意人貯果實的前期溫度不宜過高，以免該病大發生。
3、衰老褐變病 根據其發病原因分為衰老褐變、低溫褐變和二氧化碳傷害三大類。
（1）衰老褐變：是指果實后熟失常所引起的果肉變褐。由癥狀看，一種是果肉粉綿、變軟，內部變成干而易碎的粉質狀，后期變成褐色，果皮及外部果肉破裂。另一種是果肉褐變，果肉變為淺褐色，受病部分界限不明顯，果肉不變粉綿且果皮不破裂。衰老褐變病是蘋果過熟老化的一個象征，凡是促進蘋果成熟的因素均可加速此病的發生。通過控制貯藏溫濕度，采后用2%～4%的氯化鈣液浸泡果實10分鐘均可起到良好的防病作用。
（2）低溫傷害：蘋果貯溫過低而引起的凍結也會降低果實硬度和縮短貯藏壽命。高濃度二氧化碳和高濕度都會加重低溫傷害。低溫傷害與低溫和時間兩個因素有關，短期低溫并不引起傷害。現防治此病的有效方法是控制貯藏溫度在2～4℃。
（3）二氧化碳和缺氧傷害：二氧化碳傷害分為果實外部傷害和內部傷害兩種。外部傷害發生在貯藏前期，病變組織界限分明，呈黃褐色，下陷起皺。內部傷害果肉果心局部組織出現褪色小斑塊，最后病變部分果肉失水成干褐色空腔，食之味苦，整果風味變淡，并伴有輕微發酵味，二者相同處是受害果硬度均不減。缺氧傷害主要是果皮木栓化，果肉至果心組織壞死，并有濃烈的發酵味。通過嚴密監測貯藏環境氣體組分變化，如維持氧在2%～3%、二氧化碳在3%～5%，受害果乙醇含量在120毫克/100克以下，置于10～18℃的通風環境中，則大部分果實可復原。
（二）真菌性病害的防治
1、炭疽病 特征是果面呈淡褐色病斑，并逐漸從果皮向果實內部呈漏斗狀腐爛；果肉變褐色，有輕微苦味。病斑表面凹陷，從病斑中心向外生成同心輪紋狀排列的黑色小點。蘋果在采前噴灑500～1000毫克/公斤的苯來特，或托布津，或噻苯咪唑，或多菌靈等防治效果較好；或者在采后用以上藥液浸泡果實防病效果也較好；或用多功能保鮮紙包果，同時貯藏期適當降低同期溫度，采用氣調貯藏，適當提高二氧化碳濃度降低氧濃度也可起到較好的防治作用。
2、輪紋病 果實起初以皮孔為中心發生水浸狀褐色斑點，漸次擴大，表面呈暗紅褐色，有清晰的同心輪紋。自病斑中心起，表皮下逐漸產生散生的黑色點粒。病果往往迅速軟化腐敗，流出茶褐色汁液，但果皮不凹陷、果形不變，這是與炭疽病的區別之點。蘋果輪紋病的防治，除在加強栽培管理，增強樹勢，提高樹體抗病能力的基礎上，采取以鏟除枝干上的菌源和生長期噴藥保護為重點綜合防治外，化學藥劑防治是關鍵措施。因此，采前噴1～2次內吸性殺菌劑，可降低果實帶菌率；采后用仲丁胺200倍液浸果1分鐘后貯藏，也可降低其發病率；另外低溫貯藏也是防治該病的一項重要措施。
3、青霉病 發病初期病斑呈黃色，下陷呈近圓形，果肉軟腐組織解體、濕軟，腐爛果有特殊的霉味。防止采收、運輸中的各種機械損傷，揀出病蟲果和機械傷果不作長期貯藏是防治青霉病的關鍵措施。貯藏前用1000 2500毫克/公斤噻苯咪唑，或用500～1000毫克/公斤的苯來特或托布津等藥液浸泡果實，對青霉病的防治效果也很好；控制乙醛氣在空氣中的濃度為0.5%、1%、2%，并分別處理果實3小時、2小時、1小時，對防治該病均可起到良好的效果。
4、霉腐病 果實從心室開始受害，并逐漸向外擴展霉爛。病果果心變褐，充滿灰色或粉紅色霉狀物。當果心霉爛發展嚴重時，果實梗部可見水漬狀不規則的濕腐斑塊，并彼此相聯，最后全果腐爛，果肉味苦。早春芽前全樹噴施1～3波美度的石硫合劑，花前花后噴施幾次殺菌劑對蘋果霉腐病均有較好的防治作用；貯藏期溫度保持在0.5～1℃，相對濕度在90%左右，可防止蘋果霉腐病的擴展蔓延。
