輪狀病毒：在新生仔豬的最初幾周內，幾乎所有的仔豬都可被輪狀病毒感染，但大多數病例都呈亞臨床癥狀。當持續不斷的產仔房內的病毒超過了仔豬的被動免疫保護力時，就會出現感染的臨床癥狀。Benfield報告，對輪狀病毒具有免疫力的母豬在產仔前3天和產仔后2周內可經糞便排出病毒。新生仔豬感染輪狀病毒后會出現檸檬黃或奶酪樣腹瀉。年齡較大的仔豬腹瀉比較溫和，持續時間也比較短。如果仔豬缺乏被動免疫力，病毒增殖足以使6～7日齡的仔豬感染，其臨床癥狀是比較嚴重的。發病率通常為80～100%，死亡率為5～20%。如果病毒感染的同時繼發細菌感染造成的死亡率會大為增加。
球蟲病：在6～10日齡的仔豬，被診斷為球菌病的日益增多。較大規模的集約化養豬生產可能增加了球蟲病的流行。在7～8月份豬球蟲病的發生年可能增加。
感染豬開始抽拉黃褐色至灰色的糊狀糞便，一兩天后繼而變成水樣腹瀉。腹瀉持續4～8天直到嚴重脫水。在混凝土地板或板條的產仔房內，球蟲病發病率可以達100%。在木板地板的產仔房內，發病率也可以比較高。死亡率為0～20%，這要取決于是否同時有繼發感染和環境應激因素。
雖然在豬已鑒定出幾個球蟲種類，但已經知道的對年輕仔豬有致病力的種僅有豬等孢球蟲(Isosporn suis)。形成孢子的卵囊被仔豬食入后，釋放出孢子蟲，大部分滲入空腸和回腸的上皮細胞內，進行無性繁殖。大約(在食入)5天后，進入
有性繁殖階段，卵囊經糞便排出。Harleman和Meyer報道了豬等孢球蟲腸道外生活史，卵囊食入后在排出的10～14天可引起第二次高峰。
在流行的豬場，可以預先知道哪一天仔豬要發生腹瀉。豬只開始通常不活潑，大部分時間躺在靠近熱源的地方，第二天就可發生腹瀉。
產氣莢膜梭菌(Clostridiumperfringens)：雖然C型產氣莢膜梭菌通常可使3～5日齡仔豬發生急性腹瀉，但是在5～14日齡仔豬也可引起C型產氣莢膜梭菌慢性感染。這些仔豬出現臨床疾病2～3天后出現腹瀉和脫水。這種疾病常呈散發，同一窩仔豬僅3或4頭感染，而其余的仔豬可能是健康的。
蘭氏類園線蟲(Strongyloidesransomi)：雖然腸道線蟲主要在美國東南部是一個問題，但是中西部州的獸醫人員對這些寄生蟲也是重視的。幼蟲可經感染母豬的初乳傳給哺乳的仔豬。食入的幼蟲可引起空腸上皮細胞脫落使6日齡仔豬發生腹瀉。可看到仔豬厭食、腹瀉、脫水和精神沉郁。
