木瓜采收后由于氣候、病蟲害和人為因素的不同，使新鮮木瓜采后損失很大。
一、采后損失與控制
木瓜采后由病菌引起的病害主要包括炭疽病和蒂腐病。其中炭疽病是木瓜產區普遍發生的采后病害。另外，蒂腐病是采后木瓜貯藏中的又一種最常出現的病害，除了上述病害外，還有褐斑病、干腐病、濕腐病和果腐病等。而采后處理主要包括熱水浸果處理、蒸汽熱處理和熏蒸處理，可有效減少炭疽病的發生。熱處理后結合打蠟，可減少貯藏期間果實皺縮。
對于陸地長途運輸和需要貯藏的木瓜果實則在使用熱處理同時，必須配合殺菌劑和熏蒸聯合處理，才可能獲得良好的貯藏效果。殺菌劑可采用0.1％的特克多溶；木瓜采用熏蒸和熱處理相結合可有效控制果蠅。即在熱水處理之前或之后，采用二溴化乙烯按8g/m3用量在熏蒸室內對木瓜熏蒸2小時左右，如先熱水浸泡，則在熏蒸完畢后須降溫至25℃左右再熏蒸；反之，則在熏蒸完畢并通風后再熱處理。 近年來，生產上還使用輻照處理結合熱處理效果也不錯。其不僅可殺滅果蠅，對炭疽病也有抑制作用，還可延長采后壽命。其做法是首先用48℃左右熱水處理20分鐘，然后在流動的冷水中降溫20分鐘，最后用750Gy的輻射劑量照射。如在熱水中加入0.08％~0.10％的殺菌劑效果更佳。
另外，木瓜在貯溫不適時也易發生冷害。木瓜在5℃，一些品種甚至在10℃貯藏時就會出現冷害癥狀，即果實不能正常后熟，表皮凹陷，果肉不能正常轉色，果肉組織內部積水，對病菌感染抵抗力下降等，從而使產品品質下降，造成經濟損失。因此在冷藏中應根據不同品種確定與之適宜的貯藏溫度，并盡量減少貯存庫溫度波動。
二、常溫貯藏
在生產地區和產地附近銷售成熟的番木瓜，包裝房或轉運外的貯藏只是臨時，庫房只求達到通風良好，清潔衛生條件即可。因為貯藏期短而不要求有冷溫條件，這樣，在夏熱冬冷的室溫下，經營者必須根據番木瓜熱天后熟快，容易腐爛，而冬天后熟慢的特點，合理組織銷售。秋冬季采收的成熟果實，有時還需要用人工催熟方法加速果實后熟，以便應市。催熟方法是在每一包裝箱內，放入紙包滴上水的電石小量，包封包裝不讓透風，經1～2日夜，果皮轉為鮮黃，即可食品用。 此外，也可用2 000mg/l乙烯利加兩片氫氧化鈉處理，24小時內即可后熟。
冬季采收的番木瓜，當地較為冷涼的大氣溫度，有利于果實的貯藏，若要求北運到大氣溫度低于12℃以下的地區，則要求運輸車箱具有防冷設施，以避免果實產生冷害。
三、低溫貯藏
如果需較長時間貯藏，則應低溫貯藏。即將經熱水浸泡、熏蒸或輻照處理后的木瓜，盡快轉運到大約13℃的貯庫中貯存。在此溫度下，木瓜一般可以貯存2～3周左右的時間，移到室溫下后可正常后熟，不影響果實品質。另外注意低溫貯藏木瓜最好在開始變黃的成熟階段采收較合適，因為這個階段果實對冷害敏感性較低。
與低溫貯藏相結合的幾個實驗說明，低壓貯藏可以減少番木瓜果實腐爛的發展，但僅是在抑制病菌的生長方面起到作用；其他一些氣調貯藏是在低溫下和1%～1.5%含氧量的控制氣體條件下，獲得延長為數不多的貯藏時間。這些實驗都需要與傳統的采后處理、熱處理、殺菌劑處理和冷藏條件相配合，而附加的低壓或氣調實驗提高了成本經費，故在商業實踐上尚未使用。
四、包裝運輸
包裝運輸的木瓜宜選擇大小一致、成熟度一致、重量為0.5~1kg的果實，采用瓦楞紙箱包裝，每一個果實均套袋，果蒂向下，間填以紙纖維或木纖維等填充物，并每一包裝中不宜超過兩層；大批運輸時，也可采用有襯墊的木箱或堅實的竹筐包裝。
