辣椒主要病害有：猝倒病、立枯病、病毒病、疫病、青枯病、白粉病、炭疽病等。
一、苗期猝倒病
1.發病癥狀
幼苗莖基部水漬狀，病斑發展成黃褐色，幼莖縊縮成為線狀，病勢發展很快，子葉未調萎，幼苗倒伏死亡；發病由點到面發展迅速，潮濕時病株周圍長出一層白色棉絮狀菌絲。
2.發病條件
土壤含水量大，空氣潮濕，溫度30～36℃，或8～9℃，晴天高溫潮濕和陰天或寒流侵襲時，低溫高濕，因而幼苗易感病。
3.防治方法
避免高溫或低溫育苗，控制灌水，降低溫度，及時放風，調節溫濕度，培育壯苗。每平方米用40%五氯硝基苯9～10克加40千克細干土拌勻，出苗后視病株每平方米噴淋72.2%普力克400倍液2～3千克。50%霉多米爾可濕性粉劑500倍液、40%五氯硝基苯懸浮劑500倍液，64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液。
二、立枯病
1.發病癥狀
多發生于育苗中后期和大田幼苗期。幼苗莖基部產生橢圓形暗褐色斑，發病時白天萎蔫晚上恢復，病斑繞莖一周時，莖基部縊縮、干枯，病株死亡，潮濕時莖基部可見淺褐色蛛網狀霉。
2.發病條件
高溫高濕易誘發此病，播種過密，分苗不及時，通風透光條件差，發病較重。
3.防治方法
每平方米苗床用40%五氯硝基苯40克加50%福美雙4克加40千克細干土拌成藥土，1/3鋪底，2/3播種后蓋土。培育壯苗：增強秧苗抗病能力。發病初期選擇72.2%普力克水劑加50%福美雙可濕性粉劑800倍液噴霧，7～8天噴1次，連噴2～3次。
三、病毒病
1.發病癥狀
病毒病感染后引起花葉、矮化、落花、落果、壞死等癥狀，田間常因多種病毒復合侵染而使癥狀表現復雜，常有以下4種類型。①花葉型：病葉呈現濃綠與淡綠相間的花葉，皺縮。②黃化型：葉片發黃嚴重時上黃下綠，植株矮化，并明顯落葉。③壞死型：包括頂枯，斑駁壞死，或條紋壞死，葉片主脈呈褐色，擴展，后側枝、主莖及生長點黑色壞死，落花、落葉、落果。④畸形型：心葉葉脈褪綠逐漸變成斑駁，花葉皺縮，以后病葉增厚，葉緣向上卷曲，幼葉狹窄或出現線狀葉，植株節間縮短，矮化，枝葉叢生呈叢簇狀，病果呈現深綠和淺綠相同的花斑，有疣狀突起。
2.發病條件
高溫干旱，蚜蟲發生嚴重，重茬、缺水、缺肥，管理粗放，過于密植，通風不暢，植株徒長，加重發病。
3.防治方法
抗病性由強至弱的品種是線椒、板椒、鐵皮椒。抗病性強的品種：線椒如紅安線椒；板椒如世農大將、紅海、亞平1號、2號；鐵皮椒如美研1號等。培育株型壯矮的秧苗，早播種，早定植，可使結果盛期避開病毒病高峰。合理密植，促進早封壟。種子用10%磷酸三鈉浸泡20～30分鐘，后洗凈催芽。實行輪作，施足基肥。勤澆水，采收季節注意保水保肥。防蚜用20%康福多10～15毫升/667平方米，2.5%敵殺死3000倍液，50%抗蚜威2500倍液，10%吡蟲啉5000倍液。在分苗定植前和花期噴灑0.1%～0.2%硫酸鋅，20%病毒A、20%毒克等500倍液噴霧，或用寧南霉素260～400倍，3.95%病毒必克，50%病毒菌克等防治。
四、疫病
1.發病癥狀
又叫黑腳病，整個生育期內均可發病。可危害辣椒的根、莖、葉、果。幼苗發病，初為缺水狀萎蔫，易脫葉，易從病部折斷。葉片病斑初呈水漬狀，擴展成長形、不規則形或近圓形大斑，病斑黃褐色轉黑褐色，易枯縮脫落。病株近地表莖基部出現繞莖一周的黑褐色縊縮斑，葉片由下向上萎蔫，脫葉，枯萎，死亡。果實發病，病斑如水漬狀向果面發展，病果灰綠色后變白軟腐，有時有深褐色同心輪紋，潮濕天氣可產生白色霉層。病果干縮不脫落。
2.發病條件
高溫高濕發病嚴重，重茬地、田間積水及大水漫灌都會加重病害。開花結果以后發病。
3.防治方法
選擇土壤基礎肥力高、地勢平整度好的條田。合理灌水，不上壟，不受淹，低洼處不積水。下雨前不澆水，忌澆水過大和串灌。用25%甲霜靈1000倍液浸種2小時后，用無病新土育苗。發病初期可用50%甲霜靈錳鋅或64%殺毒礬600倍液進行灌根、氫氧化鈉800～1000倍液淋根和噴灑植株、77%可殺得500倍液，7～10天1次，連防2～3次。
五、青枯病
1.發病癥狀
該病危害初期使個別枝條的葉片或1片葉片的局部呈現萎蔫后，擴散全株，葉片從下向上變黃褪綠，后變褐枯死，病莖外部癥狀不明顯，縱剖莖部木質部變褐，髓部腐爛空心，橫切面保濕后可見乳白色菌膿溢出，有別于黃萎病。
2.發病條件
該病為土傳病害，高溫多濕的條件下發病嚴重，田間傳播主要靠灌水和雨水。
3.防治方法
主要以預防為主，水早輪作，選用抗病品種，深溝高畦種植。定植后用氫氧化鈉800～1000倍液灌根或噴灑植株。發病初期噴或淋200國際單位硫酸鏈霉素，或用77%可殺得500倍液與硫酸鏈霉素4000倍液交替灌根，每株250毫升藥液，7～10天1次，連用2～3次。
六、白粉病
1.發病癥狀
主要危害葉片，先從下部老葉發病，葉片正面呈褪綠小黃點，擴大形成黃褐色不規則病斑，病斑中央有壞死斑點，周圍有同心輪紋，下部葉片背面形成白粉，葉片黃化，遇風脫落。
2.發病條件
一般濕度52%～75%、溫度20～25℃有利于病害發生，靠風傳播擴散。
3.防治方法
選用抗病品種。加強栽培管理，與禾本科作物輪作。重病田可噴灑25%粉銹寧2000倍液、70%甲基托布津1000倍液、20%三唑酮乳油2000倍液。
七、炭疽病
1.發病癥狀
掛果成熟期易發病。主要危害果實和葉片，特別是成熟的果實及老葉，果實被害初為水浸狀黃褐色小斑，進而擴展成近圓形或不規則形的凹陷病斑，斑面隆起，密生小黑點組成的同心輪紋，潮濕天氣病斑表面溢出淡紅色粘稠物；干燥天氣病部干縮呈膜質易破裂，其上輪紋明顯。葉片感病初為褪綠斑點，逐漸發展成中央灰色或白色邊緣、深褐色或鐵銹色近圓形或不規則形病斑，葉易干縮脫落。
2.發病條件
溫度27℃、相對濕度95%易感染，潛育期只有3天。相對濕度低于54%時，一般不發病。結果盛期，大雨后晴天曝曬引起病害流行。
3.防治方法
選用抗病品種。實行輪作。用50%多菌靈500倍液浸種。初見病時用82%炭疽福美可濕性粉劑500倍液噴霧、50%多菌靈500倍液、70%甲基硫菌靈800倍液、75%百菌清可濕性粉劑800倍液，7～8天噴藥1次，連噴2～3次。
一、苗期猝倒病
1.發病癥狀
幼苗莖基部水漬狀，病斑發展成黃褐色，幼莖縊縮成為線狀，病勢發展很快，子葉未調萎，幼苗倒伏死亡；發病由點到面發展迅速，潮濕時病株周圍長出一層白色棉絮狀菌絲。
2.發病條件
土壤含水量大，空氣潮濕，溫度30～36℃，或8～9℃，晴天高溫潮濕和陰天或寒流侵襲時，低溫高濕，因而幼苗易感病。
3.防治方法
避免高溫或低溫育苗，控制灌水，降低溫度，及時放風，調節溫濕度，培育壯苗。每平方米用40%五氯硝基苯9～10克加40千克細干土拌勻，出苗后視病株每平方米噴淋72.2%普力克400倍液2～3千克。50%霉多米爾可濕性粉劑500倍液、40%五氯硝基苯懸浮劑500倍液，64%殺毒礬可濕性粉劑500倍液。
二、立枯病
1.發病癥狀
多發生于育苗中后期和大田幼苗期。幼苗莖基部產生橢圓形暗褐色斑，發病時白天萎蔫晚上恢復，病斑繞莖一周時，莖基部縊縮、干枯，病株死亡，潮濕時莖基部可見淺褐色蛛網狀霉。
2.發病條件
高溫高濕易誘發此病，播種過密，分苗不及時，通風透光條件差，發病較重。
3.防治方法
每平方米苗床用40%五氯硝基苯40克加50%福美雙4克加40千克細干土拌成藥土，1/3鋪底，2/3播種后蓋土。培育壯苗：增強秧苗抗病能力。發病初期選擇72.2%普力克水劑加50%福美雙可濕性粉劑800倍液噴霧，7～8天噴1次，連噴2～3次。
三、病毒病
1.發病癥狀
病毒病感染后引起花葉、矮化、落花、落果、壞死等癥狀，田間常因多種病毒復合侵染而使癥狀表現復雜，常有以下4種類型。①花葉型：病葉呈現濃綠與淡綠相間的花葉，皺縮。②黃化型：葉片發黃嚴重時上黃下綠，植株矮化，并明顯落葉。③壞死型：包括頂枯，斑駁壞死，或條紋壞死，葉片主脈呈褐色，擴展，后側枝、主莖及生長點黑色壞死，落花、落葉、落果。④畸形型：心葉葉脈褪綠逐漸變成斑駁，花葉皺縮，以后病葉增厚，葉緣向上卷曲，幼葉狹窄或出現線狀葉，植株節間縮短，矮化，枝葉叢生呈叢簇狀，病果呈現深綠和淺綠相同的花斑，有疣狀突起。
2.發病條件
高溫干旱，蚜蟲發生嚴重，重茬、缺水、缺肥，管理粗放，過于密植，通風不暢，植株徒長，加重發病。
3.防治方法
抗病性由強至弱的品種是線椒、板椒、鐵皮椒。抗病性強的品種：線椒如紅安線椒；板椒如世農大將、紅海、亞平1號、2號；鐵皮椒如美研1號等。培育株型壯矮的秧苗，早播種，早定植，可使結果盛期避開病毒病高峰。合理密植，促進早封壟。種子用10%磷酸三鈉浸泡20～30分鐘，后洗凈催芽。實行輪作，施足基肥。勤澆水，采收季節注意保水保肥。防蚜用20%康福多10～15毫升/667平方米，2.5%敵殺死3000倍液，50%抗蚜威2500倍液，10%吡蟲啉5000倍液。在分苗定植前和花期噴灑0.1%～0.2%硫酸鋅，20%病毒A、20%毒克等500倍液噴霧，或用寧南霉素260～400倍，3.95%病毒必克，50%病毒菌克等防治。
四、疫病
1.發病癥狀
又叫黑腳病，整個生育期內均可發病。可危害辣椒的根、莖、葉、果。幼苗發病，初為缺水狀萎蔫，易脫葉，易從病部折斷。葉片病斑初呈水漬狀，擴展成長形、不規則形或近圓形大斑，病斑黃褐色轉黑褐色，易枯縮脫落。病株近地表莖基部出現繞莖一周的黑褐色縊縮斑，葉片由下向上萎蔫，脫葉，枯萎，死亡。果實發病，病斑如水漬狀向果面發展，病果灰綠色后變白軟腐，有時有深褐色同心輪紋，潮濕天氣可產生白色霉層。病果干縮不脫落。
2.發病條件
高溫高濕發病嚴重，重茬地、田間積水及大水漫灌都會加重病害。開花結果以后發病。
3.防治方法
選擇土壤基礎肥力高、地勢平整度好的條田。合理灌水，不上壟，不受淹，低洼處不積水。下雨前不澆水，忌澆水過大和串灌。用25%甲霜靈1000倍液浸種2小時后，用無病新土育苗。發病初期可用50%甲霜靈錳鋅或64%殺毒礬600倍液進行灌根、氫氧化鈉800～1000倍液淋根和噴灑植株、77%可殺得500倍液，7～10天1次，連防2～3次。
五、青枯病
1.發病癥狀
該病危害初期使個別枝條的葉片或1片葉片的局部呈現萎蔫后，擴散全株，葉片從下向上變黃褪綠，后變褐枯死，病莖外部癥狀不明顯，縱剖莖部木質部變褐，髓部腐爛空心，橫切面保濕后可見乳白色菌膿溢出，有別于黃萎病。
2.發病條件
該病為土傳病害，高溫多濕的條件下發病嚴重，田間傳播主要靠灌水和雨水。
3.防治方法
主要以預防為主，水早輪作，選用抗病品種，深溝高畦種植。定植后用氫氧化鈉800～1000倍液灌根或噴灑植株。發病初期噴或淋200國際單位硫酸鏈霉素，或用77%可殺得500倍液與硫酸鏈霉素4000倍液交替灌根，每株250毫升藥液，7～10天1次，連用2～3次。
六、白粉病
1.發病癥狀
主要危害葉片，先從下部老葉發病，葉片正面呈褪綠小黃點，擴大形成黃褐色不規則病斑，病斑中央有壞死斑點，周圍有同心輪紋，下部葉片背面形成白粉，葉片黃化，遇風脫落。
2.發病條件
一般濕度52%～75%、溫度20～25℃有利于病害發生，靠風傳播擴散。
3.防治方法
選用抗病品種。加強栽培管理，與禾本科作物輪作。重病田可噴灑25%粉銹寧2000倍液、70%甲基托布津1000倍液、20%三唑酮乳油2000倍液。
七、炭疽病
1.發病癥狀
掛果成熟期易發病。主要危害果實和葉片，特別是成熟的果實及老葉，果實被害初為水浸狀黃褐色小斑，進而擴展成近圓形或不規則形的凹陷病斑，斑面隆起，密生小黑點組成的同心輪紋，潮濕天氣病斑表面溢出淡紅色粘稠物；干燥天氣病部干縮呈膜質易破裂，其上輪紋明顯。葉片感病初為褪綠斑點，逐漸發展成中央灰色或白色邊緣、深褐色或鐵銹色近圓形或不規則形病斑，葉易干縮脫落。
2.發病條件
溫度27℃、相對濕度95%易感染，潛育期只有3天。相對濕度低于54%時，一般不發病。結果盛期，大雨后晴天曝曬引起病害流行。
3.防治方法
選用抗病品種。實行輪作。用50%多菌靈500倍液浸種。初見病時用82%炭疽福美可濕性粉劑500倍液噴霧、50%多菌靈500倍液、70%甲基硫菌靈800倍液、75%百菌清可濕性粉劑800倍液，7～8天噴藥1次，連噴2～3次。
