目前在農業生產中，一些人認為發展無公害農產品就不能使用化肥，使用化肥的農產品就不是無公害農產品，更有甚者在某些媒體竟公然指出禁止使用含硝態氮的化肥。其實，使用化肥與生產無公害農產品并不矛盾。
一、化肥有利于改善農產品的品質
大量的研究結果表明，合理使用化肥，特別是養分的均衡供應，可以明顯改善農產品的品質。例如，在作物需肥范圍內提供充足均衡的化學肥料，可明顯增加谷物的蛋白質含量，增加薯類作物的淀粉含量及糖度，同時還可以改善蔬菜瓜果的外觀品質和營養品質。無公害產品生產過程中同樣需要吸收大量的養分，而僅僅靠有機肥和土壤的供應是大大不夠的，反而會影響產品品質。因此，合理科學的施用化肥，對于發展無公害農產品，改善無公害農產品的品質尤為重要。
二、合理使用化肥，不會造成蔬菜瓜果硝酸鹽含量超標
首先，從土壤養分的形態來看，不管使用不使用化肥，土壤中本身就存在各種氮素養分形態，在旱作條件下，尤以硝態氮為主；再者，大多數瓜果蔬菜都是喜硝態氮作物，氮素進入其有機體時主要時以硝態氮的形式為主。試驗證明，在旱作條件下，不論是施用有機肥料還是無機肥料（化肥），其養分形態都將迅速轉化為硝態氮形式而被作物吸收利用。當然，施用化肥可以明顯增加作物及土壤中硝酸鹽的含量，但并不能因此而拒絕使用化肥。試驗還表明，土壤與作物中的硝酸鹽高低與施入肥料的種類無關。除了施肥量對蔬菜瓜果中的硝酸鹽含量有影響外，土壤的氮素肥力與農產品收獲距離追肥時間也是影響產品中硝酸鹽含量的重要原因。也就說，在土壤肥力較高的地塊或大量使用有機肥的情況下，均可以導致農產品中硝酸鹽的含量超標。
因此，在生產無公害農產品時，只要科學合理的施用化肥，一般不會造成農產品中硝酸鹽的含量超標，農產品生產者大可不必因噎廢食而拒絕使用化肥，無端的降低經濟收入；廣大消費者大可不必擔心農產品的食用安全問題。
